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- PDB-8ef8: Staphylococcus aureus ClpP Y63W in complex with compound 3471 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ef8
タイトルStaphylococcus aureus ClpP Y63W in complex with compound 3471
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / ClpP
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-USU / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Lee, R.E. / Griffith, E.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI110578 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of a high throughput and site specific, fluorescent polarization assay to screen for activators of Caseinolytic Protease P leads to the discovery of synthetically tractable new activator class
著者: Singh, A.C. / Zhao, Y. / Griffith, E.C. / Tangallapally, R. / Jarret, M.W. / Lee, R.E.
履歴
登録2022年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,17940
ポリマ－316,83014
非ポリマー7,34926
水17,439968
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area54800 Å2
ΔGint-415 kcal/mol
Surface area86270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.916, 125.126, 143.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
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NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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280TYRTYRVALVALSM18 - 19118 - 191
181TYRTYRVALVALKI18 - 19118 - 191
281TYRTYRVALVALTN18 - 19118 - 191
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187ILEILEPROPROMK4 - 1924 - 192
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291ILEILEPROPROTN4 - 1924 - 192

NCSアンサンブル:
ID
1
2
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91

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 22630.721 Da / 分子数: 14 / 変異: Y63W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: clpP, SAOUHSC_00790 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G036, endopeptidase Clp
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-USU / (5S,6S,9aS)-N-[(4-fluorophenyl)methyl]-6-methyl-8-[(naphthalen-1-yl)methyl]-4,7-dioxohexahydro-2H-pyrazino[1,2-a]pyrimidine-1(6H)-carboxamide


分子量: 474.527 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H27FN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 968 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M NaOAc pH 4.5, 18-35% MPD, 0.02M CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 163105 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 1.299 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 676079
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.17-2.213.50.61375150.6070.3680.720.88488.5
2.21-2.253.50.55675750.6820.3320.6530.90988.2
2.25-2.293.60.48375640.7270.2860.5650.91988.6
2.29-2.343.60.42675880.790.250.4980.91188.8
2.34-2.393.60.39476490.8260.2290.4590.92489.5
2.39-2.443.60.35976850.8410.2080.4180.93190.5
2.44-2.513.60.30578240.8850.1760.3540.98691.3
2.51-2.573.60.25579300.910.1470.2960.99492.7
2.57-2.653.60.23380670.9340.1330.271.03494.2
2.65-2.733.70.19581890.9540.1110.2251.07995.9
2.73-2.833.80.17183510.9620.0970.1981.13497
2.83-2.953.90.14883560.9720.0830.1711.1898
2.95-3.084.10.1484820.9730.0760.161.26199.2
3.08-3.244.40.12885690.9780.0680.1451.37599.8
3.24-3.444.70.12385970.980.0630.1391.53699.9
3.44-3.714.90.11485760.9820.0570.1281.706100
3.71-4.0850.11386190.9820.0550.1261.84399.9
4.08-4.675.20.10185890.9860.0490.1121.73199.9
4.67-5.895.30.186460.9870.0480.1111.656100
5.89-505.20.0887340.9940.0390.0891.44799.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.69 Å49.68 Å
Translation4.69 Å49.68 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3STA

3sta


解像度: 2.17→49.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.716 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.2449 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2278 8156 5 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
obs0.2032 154915 93.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.74 Å2 / Biso mean: 34.574 Å2 / Biso min: 18.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→49.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19228 0 532 968 20728
Biso mean--65.01 41.32 -
残基数----2500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01320069
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01619629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5231.66827148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4551.60945144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38252476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.83923.956958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.904153562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1141598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.22772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0222539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024297
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A56110.05
12B56110.05
21A55940.06
22C55940.06
31A55990.06
32D55990.06
41A56000.06
42E56000.06
51A55990.06
52F55990.06
61A55160.08
62G55160.08
71A56130.06
72I56130.06
81A55540.06
82K55540.06
91A55300.07
92L55300.07
101A56320.05
102M56320.05
111A55200.06
112N55200.06
121A56160.05
122S56160.05
131A56110.06
132T56110.06
141B56130.06
142C56130.06
151B55730.07
152D55730.07
161B56330.06
162E56330.06
171B56320.05
172F56320.05
181B55320.08
182G55320.08
191B56380.05
192I56380.05
201B54990.06
202K54990.06
211B54930.07
212L54930.07
221B55770.07
222M55770.07
231B54950.06
232N54950.06
241B56220.06
242S56220.06
251B56100.06
252T56100.06
261C56280.05
262D56280.05
271C56530.05
272E56530.05
281C56420.05
282F56420.05
291C55510.07
292G55510.07
301C55990.06
302I55990.06
311C54790.06
312K54790.06
321C54700.07
322L54700.07
331C56060.06
332M56060.06
341C55100.05
342N55100.05
351C56160.05
352S56160.05
361C56560.06
362T56560.06
371D56090.05
372E56090.05
381D56010.06
382F56010.06
391D55340.08
392G55340.08
401D55890.06
402I55890.06
411D54680.07
412K54680.07
421D54610.07
422L54610.07
431D55880.06
432M55880.06
441D54960.06
442N54960.06
451D56140.05
452S56140.05
461D55870.06
462T55870.06
471E56150.05
472F56150.05
481E55410.08
482G55410.08
491E56040.06
492I56040.06
501E54740.06
502K54740.06
511E54610.07
512L54610.07
521E56040.06
522M56040.06
531E55100.06
532N55100.06
541E56020.06
542S56020.06
551E56540.05
552T56540.05
561F55350.08
562G55350.08
571F56410.06
572I56410.06
581F54860.07
582K54860.07
591F55280.07
592L55280.07
601F55810.07
602M55810.07
611F54850.06
612N54850.06
621F56290.05
622S56290.05
631F56290.06
632T56290.06
641G55170.08
642I55170.08
651G54500.07
652K54500.07
661G55030.07
662L55030.07
671G55050.08
672M55050.08
681G54830.06
682N54830.06
691G55520.07
692S55520.07
701G54910.08
702T54910.08
711I54900.06
712K54900.06
721I54730.07
722L54730.07
731I55800.07
732M55800.07
741I54700.06
742N54700.06
751I56130.06
752S56130.06
761I56020.06
762T56020.06
771K54510.07
772L54510.07
781K54800.07
782M54800.07
791K54870.06
792N54870.06
801K54780.06
802S54780.06
811K54790.07
812T54790.07
821L54420.08
822M54420.08
831L54480.07
832N54480.07
841L54880.07
842S54880.07
851L54800.07
852T54800.07
861M54800.07
862N54800.07
871M56260.05
872S56260.05
881M56400.06
882T56400.06
891N55070.05
892S55070.05
901N54730.07
902T54730.07
911S56010.06
912T56010.06
LS精密化 シェル解像度: 2.172→2.228 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 441 -
Rwork0.271 8637 -
all-9078 -
obs--70.71 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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