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- PDB-8eey: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eey
タイトルCas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30
要素
  • Cas7-11
  • Csx29
  • Csx30
  • DR-mismatched target RNA
  • crRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR / endonuclease / endopeptidase / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus
類似検索 - 分子機能
CHAT domain / CHAT domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated RAMP family protein / DUF4209 domain-containing protein / CHAT domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfonema ishimotonii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Demircioglu, F.E. / Wilkinson, M.E. / Strecker, J. / Li, D. / Faure, G. / Macrae, R.K. / Zhang, F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)1DP1-HL141201 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)2R01HG009761-05 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: RNA-activated protein cleavage with a CRISPR-associated endopeptidase.
著者: Jonathan Strecker / F Esra Demircioglu / David Li / Guilhem Faure / Max E Wilkinson / Jonathan S Gootenberg / Omar O Abudayyeh / Hiroshi Nishimasu / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang /
要旨: In prokaryotes, CRISPR-Cas systems provide adaptive immune responses against foreign genetic elements through RNA-guided nuclease activity. Recently, additional genes with non-nuclease functions have ...In prokaryotes, CRISPR-Cas systems provide adaptive immune responses against foreign genetic elements through RNA-guided nuclease activity. Recently, additional genes with non-nuclease functions have been found in genetic association with CRISPR systems, suggesting that there may be other RNA-guided non-nucleolytic enzymes. One such gene from encodes the TPR-CHAT protease Csx29, which is associated with the CRISPR effector Cas7-11. Here, we demonstrate that this CRISPR-associated protease (CASP) exhibits programmable RNA-activated endopeptidase activity against a sigma factor inhibitor to regulate a transcriptional response. Cryo-electron microscopy of an active and substrate-bound CASP complex reveals an allosteric activation mechanism that reorganizes Csx29 catalytic residues upon target RNA binding. This work reveals an RNA-guided function in nature that can be leveraged for RNA-sensing applications in vitro and in human cells.
履歴
登録2022年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Csx30
A: Cas7-11
B: Csx29
C: crRNA
D: DR-mismatched target RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,1729
ポリマ－355,9115
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 EAB

#1: タンパク質 Csx30


分子量: 62688.184 Da / 分子数: 1
変異: 427-MKKDKKA-433 replaced with 427-GGS-429. A gap exists because low-resolution density in EM map permitted modeling of only a single residue of the insertion, G at position 427.
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfonema ishimotonii (バクテリア)
遺伝子: DENIS_1080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401FT41
#2: タンパク質 Cas7-11


分子量: 183844.984 Da / 分子数: 1 / 変異: D429A,D654A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfonema ishimotonii (バクテリア)
遺伝子: DENIS_1082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401FT36
#3: タンパク質 Csx29


分子量: 88311.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfonema ishimotonii (バクテリア)
遺伝子: DENIS_1081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401FT52

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RNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#4: RNA鎖 crRNA


分子量: 12134.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfonema ishimotonii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: RNA鎖 DR-mismatched target RNA


分子量: 8931.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 1種, 4分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Desulfonema ishimotonii (バクテリア)45657
31synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65733 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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