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- PDB-8ees: Crystal structure of 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ees
タイトルCrystal structure of 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase from Klebsiella pneumoniae
要素3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity / CMP-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase / Acylneuraminate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase from Klebsiella pneumoniae
著者: Liu, L. / Seibold, S. / Battaile, K.P. / Lovell, S.
履歴
登録2022年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
B: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1282
ポリマ－56,1282
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.140, 78.098, 81.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / CMP-2-keto-3-deoxyoctulosonic acid synthase / CKS / CMP-KDO synthase


分子量: 28063.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
株: HS11286 / 遺伝子: kdsB, KPHS_18250 / プラスミド: KlpnC.01328.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H3GMB7, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 20% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, KlpnC.01328.a.B1.PW39074 at 14 mg/mL. Tray: plate Liu-Limbro 20220712 D3, well H8 drop 3, Puck: PSL0214, Cryo: 33% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月11日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→81.99 Å / Num. obs: 15381 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 56853 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.563.50.312383011090.950.1940.3683.399.9
11.18-81.993.30.0346111840.9990.0210.0425.998.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VH1

1vh1


解像度: 2.5→22.39 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.1 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Very anisotropic data that were cut to 2.5A resolution. The beta angle is close to 90 degrees but the data scaled poorly in an orthorhombic lattice.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2725 786 5.13 %
Rwork0.2404 14536 -
obs0.2421 15322 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 209.38 Å2 / Biso mean: 94.1017 Å2 / Biso min: 28.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→22.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3393 0 0 16 3409
Biso mean---48.79 -
残基数----447
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.660.38051100.33882385249599
2.66-2.860.34291200.317724352555100
2.86-3.150.30971810.288323712552100
3.15-3.60.2914970.277724682565100
3.6-4.530.24791700.212923942564100
4.53-22.390.24561080.20472483259199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3187-1.32370.33424.3426-2.01035.4633-0.05921.2253-0.1647-0.2729-0.54951.0250.0807-0.25830.43140.6574-0.07980.08961.1041-0.56031.0107-16.9829-0.4214-50.9106
22.3341.28232.15620.80111.19862.0523-0.45040.744-0.77830.0543-0.10150.2761.35540.3613-0.27311.1136-0.07720.35220.7179-0.43241.058-14.7883-2.8074-37.3154
38.66841.5099-3.6365.74790.3776.5543-0.216-0.28980.58110.4349-0.0013-0.3749-0.09590.71360.18990.286-0.004-0.14380.50570.03020.392-11.640217.4484-22.7032
43.0298-2.0349-1.21831.76891.45981.3996-0.79741.3833-0.405-0.1892-0.3420.54240.7937-0.94810.20530.651-0.33230.0271.0121-0.30970.6714-18.51895.5906-33.9395
55.26010.35690.59921.6986-0.03182.9045-0.8131-0.91850.30910.41310.2833-0.19740.52541.97380.18350.92330.2236-0.00392.08810.30650.6946-21.658711.727611.2682
68.26120.0052-3.93573.53540.30294.3141-0.5191-1.0368-0.29950.41810.1572-0.03150.38460.79490.16340.38790.1155-0.07540.61440.05390.3581-20.766512.7509-11.1131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 76 )A2 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 129 )A77 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 130 through 178 )A130 - 178
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 179 through 247 )A179 - 247
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 118 )B2 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 119 through 226 )B119 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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