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- PDB-8ee0: KS-AT didomain from module 2 of the 6-deoxyerythronolide B syntha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ee0
タイトルKS-AT didomain from module 2 of the 6-deoxyerythronolide B synthase in complex with antibody fragment 1B2
要素
  • 1B2 antibody heavy chain
  • 1B2 antibody light chain
  • 6-deoxyerythronolide B synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM / polyketide synthase / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


6-deoxyerythronolide-B synthase / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3290 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / CurL-like, PKS C-terminal / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding ...Alpha-Beta Plaits - #3290 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / CurL-like, PKS C-terminal / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-deoxyerythronolide-B synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Cogan, D.P. / Brodsky, K.L. / Guzman, K.M. / Mathews, I.I. / Khosla, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141799-02 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Discovery and Characterization of Antibody Probes of Module 2 of the 6-Deoxyerythronolide B Synthase.
著者: Guzman, K.M. / Cogan, D.P. / Brodsky, K.L. / Soohoo, A.M. / Li, X. / Sevillano, N. / Mathews, I.I. / Nguyen, K.P. / Craik, C.S. / Khosla, C.
履歴
登録2022年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-deoxyerythronolide B synthase
L: 1B2 antibody light chain
H: 1B2 antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,7653
ポリマ－149,7653
非ポリマー00
水2,018112
1
A: 6-deoxyerythronolide B synthase
L: 1B2 antibody light chain
H: 1B2 antibody heavy chain

A: 6-deoxyerythronolide B synthase
L: 1B2 antibody light chain
H: 1B2 antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,5306
ポリマ－299,5306
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area17050 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area97430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.850, 91.850, 393.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 6-deoxyerythronolide B synthase / EryAI


分子量: 97601.609 Da / 分子数: 1 / 断片: KS-AT didomain of module 2 (UNP residues 2033-2921) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
遺伝子: eryAI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UNP6, 6-deoxyerythronolide-B synthase
#2: 抗体 1B2 antibody light chain


分子量: 25715.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体 1B2 antibody heavy chain


分子量: 26447.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 7, 22.5% PEG8000
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→39.66 Å / Num. obs: 50353 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.252 % / Biso Wilson estimate: 54.97 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.267 / Rrim(I) all: 0.272 / Χ2: 0.778 / Net I/σ(I): 14.31 / Num. measured all: 1321851 / Scaling rejects: 106
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.65-2.7227.492.5111.66100120364236420.6152.558100
2.72-2.7927.4842.089297460354635460.6742.128100
2.79-2.8727.0921.752.4294363348534830.7671.78399.9
2.87-2.9626.6541.4143.189958337633750.8411.441100
2.96-3.0626.2181.0983.9985288325432530.8951.12100
3.06-3.1723.9030.9414.5775725316931680.9090.961100
3.17-3.2927.3720.7226.383594305430540.9610.735100
3.29-3.4227.3750.5328.480921295629560.9820.542100
3.42-3.5727.1560.3911.1276364281328120.9850.398100
3.57-3.7526.9470.32113.4372972271127080.990.32799.9
3.75-3.9526.2350.24416.9668658261826170.9940.249100
3.95-4.1923.760.1820.8258925248024800.9970.184100
4.19-4.4827.4210.14127.3263534231723170.9980.144100
4.48-4.8426.9170.11831.3558760218321830.9980.12100
4.84-5.326.3290.12129.9252790200520050.9980.124100
5.3-5.9324.7050.12927.5345754185718520.9990.13299.7
5.93-6.8424.3970.11629.5540157164616460.9980.118100
6.84-8.3825.4580.07642.5236405143014300.9990.077100
8.38-11.8522.630.04954.54257981142114010.0599.8
11.85-39.6620.8530.04356.7143057206860.9990.04495.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6C9U

6c9u


解像度: 2.65→39.66 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 2513 5 %
Rwork0.2107 47720 -
obs0.2129 50233 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.64 Å2 / Biso mean: 54.9553 Å2 / Biso min: 23.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→39.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9592 0 0 112 9704
Biso mean---49.3 -
残基数----1303
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.65-2.70.38091380.318626252763
2.7-2.760.39811340.305525412675
2.76-2.820.3871380.28826092747
2.82-2.880.34561370.277926172754
2.88-2.950.30121370.267126032740
2.95-3.030.30911370.254425822719
3.03-3.120.31121370.26326182755
3.12-3.220.34211380.268326062744
3.22-3.340.3231390.249926342773
3.34-3.470.28431370.215726142751
3.47-3.630.24321380.206126392777
3.63-3.820.26171410.205926672808
3.82-4.060.26531390.198426292768
4.06-4.370.1981400.173326712811
4.37-4.810.20621410.158426882829
4.81-5.510.22921420.18426862828
5.51-6.930.24431440.212827592903
6.93-39.660.18341560.182729323088

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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