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万見
- PDB-8edx: Cryo-EM Structure of P74-26 tail-like tubes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8edx
タイトルCryo-EM Structure of P74-26 tail-like tubes
要素Tail Tube Protein gp93
キーワードVIRAL PROTEIN / tail tube protein / bacteriophage
機能・相同性Phage tail tube protein-like / Phage tail tube protein / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Oshimavirus P7426 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Agnello, E. / Pajak, J. / Liu, X. / Kelch, B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1817338 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2042597 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023
タイトル: Conformational dynamics control assembly of an extremely long bacteriophage tail tube.
著者: Emily Agnello / Joshua Pajak / Xingchen Liu / Brian A Kelch /
要旨: Tail tube assembly is an essential step in the lifecycle of long-tailed bacteriophages. Limited structural and biophysical information has impeded an understanding of assembly and stability of their ...Tail tube assembly is an essential step in the lifecycle of long-tailed bacteriophages. Limited structural and biophysical information has impeded an understanding of assembly and stability of their long, flexible tail tubes. The hyperthermophilic phage P74-26 is particularly intriguing as it has the longest tail of any known virus (nearly 1 μm) and is the most thermostable known phage. Here, we use structures of the P74-26 tail tube along with an in vitro system for studying tube assembly kinetics to propose the first molecular model for the tail tube assembly of long-tailed phages. Our high-resolution cryo-EM structure provides insight into how the P74-26 phage assembles through flexible loops that fit into neighboring rings through tight "ball-and-socket"-like interactions. Guided by this structure, and in combination with mutational, light scattering, and molecular dynamics simulations data, we propose a model for the assembly of conserved tube-like structures across phage and other entities possessing tail tube-like proteins. We propose that formation of a full ring promotes the adoption of a tube elongation-competent conformation among the flexible loops and their corresponding sockets, which is further stabilized by an adjacent ring. Tail assembly is controlled by the cooperative interaction of dynamic intraring and interring contacts. Given the structural conservation among tail tube proteins and tail-like structures, our model can explain the mechanism of high-fidelity assembly of long, stable tubes.
履歴
登録2022年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tail Tube Protein gp93
B: Tail Tube Protein gp93
C: Tail Tube Protein gp93
D: Tail Tube Protein gp93
E: Tail Tube Protein gp93
F: Tail Tube Protein gp93


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,7346
ポリマ－227,7346
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Tail Tube Protein gp93


分子量: 37955.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oshimavirus P7426 (ウイルス) / 遺伝子: P74p93 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ArcticExpress (DE3) / 参照: UniProt: A7XXS2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: In vitro-assembled tail-like tubes of tail tube protein gp93
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Oshimavirus P7426 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: ArcticExpress (DE3)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTrisC4H11NO31
2300 mMPotassium ChlorideKCl1
320 mMImidazoleC3H4N21
45 mMBeta-mercaptoethanolC2H6OS1
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Grids were glow discharged at 25 mA for 60 sec with negative polarity.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 38.4312 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4CTFFINDCTF補正
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -44 ° / 軸方向距離/サブユニット: 40 Å / らせん対称軸の対称性: C3
粒子像の選択選択した粒子像数: 619907
3次元再構成解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 395357 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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