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- PDB-8edv: Mitoguardin homolog (MIGA) delta TM residues 106-496 from Caenorh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8edv
タイトルMitoguardin homolog (MIGA) delta TM residues 106-496 from Caenorhabditis elegans bound to modelled lipid phosphatidylethanolamine
要素MItoGuArdin homolog
キーワードLIPID TRANSPORT / mitochondria (ミトコンドリア) / lipid droplets
機能・相同性Mitoguardin / Mitoguardin / mitochondrial fusion / membrane => GO:0016020 / ミトコンドリア / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / MItoGuArdin homolog
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hong, Z. / Adlakha, J. / Reinisch, K.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131715 米国
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2022
タイトル: Mitoguardin-2-mediated lipid transfer preserves mitochondrial morphology and lipid droplet formation.
著者: Hong, Z. / Adlakha, J. / Wan, N. / Guinn, E. / Giska, F. / Gupta, K. / Melia, T.J. / Reinisch, K.M.
履歴
登録2022年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MItoGuArdin homolog
B: MItoGuArdin homolog
C: MItoGuArdin homolog
D: MItoGuArdin homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,4248
ポリマ－180,6574
非ポリマー2,7684
水0
1
A: MItoGuArdin homolog
B: MItoGuArdin homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7124
ポリマ－90,3282
非ポリマー1,3842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area32720 Å2
手法PISA
2
C: MItoGuArdin homolog
D: MItoGuArdin homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7124
ポリマ－90,3282
非ポリマー1,3842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area33120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.278, 91.278, 366.745
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 135 or resid 138 through 143...
21(chain B and (resid 135 or resid 138 through 391 or resid 401))
31(chain C and (resid 135 or resid 138 through 143...
41(chain D and (resid 135 or resid 138 through 143...
12(chain E and resid 1 through 63)
22(chain F and resid 1 through 63)
32chain G
42(chain H and resid 1 through 63)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 135 or resid 138 through 143...A135
121(chain A and (resid 135 or resid 138 through 143...A138 - 143
131(chain A and (resid 135 or resid 138 through 143...A145 - 148
141(chain A and (resid 135 or resid 138 through 143...A151 - 359
151(chain A and (resid 135 or resid 138 through 143...A364 - 391
161(chain A and (resid 135 or resid 138 through 143...A401
211(chain B and (resid 135 or resid 138 through 391 or resid 401))B135
221(chain B and (resid 135 or resid 138 through 391 or resid 401))B138 - 391
231(chain B and (resid 135 or resid 138 through 391 or resid 401))B401
311(chain C and (resid 135 or resid 138 through 143...C135
321(chain C and (resid 135 or resid 138 through 143...C138 - 143
331(chain C and (resid 135 or resid 138 through 143...C145 - 148
341(chain C and (resid 135 or resid 138 through 143...C151 - 359
351(chain C and (resid 135 or resid 138 through 143...C364 - 391
361(chain C and (resid 135 or resid 138 through 143...C401
411(chain D and (resid 135 or resid 138 through 143...D135
421(chain D and (resid 135 or resid 138 through 143...D138 - 143
431(chain D and (resid 135 or resid 138 through 143...D145 - 148
441(chain D and (resid 135 or resid 138 through 143...D151 - 359
451(chain D and (resid 135 or resid 138 through 143...D364 - 391
461(chain D and (resid 135 or resid 138 through 143...D401
112(chain E and resid 1 through 63)E1 - 63
212(chain F and resid 1 through 63)F1 - 63
312chain GG0
412(chain H and resid 1 through 63)H1 - 63

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
MItoGuArdin homolog / Mitoguardin 2 (MIGA2)


分子量: 45164.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: miga-1, CELE_K01D12.6, K01D12.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q21096
#2: 化合物
ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 691.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 7.4, 22% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.36 Å / Num. obs: 27736 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.736 / Num. unique obs: 2670 / CC1/2: 0.835 / Rpim(I) all: 0.236 / Rrim(I) all: 0.774 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2 model

解像度: 3.3→48.35 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2956 1330 4.81 %
Rwork0.2698 26328 -
obs0.2711 27658 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 386.88 Å2 / Biso mean: 129.7132 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10265 0 480 0 10745
Biso mean--154.89 --
残基数----1272
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3156X-RAY DIFFRACTION4.217TORSIONAL
12B3156X-RAY DIFFRACTION4.217TORSIONAL
13C3156X-RAY DIFFRACTION4.217TORSIONAL
14D3156X-RAY DIFFRACTION4.217TORSIONAL
21A756X-RAY DIFFRACTION4.217TORSIONAL
22B756X-RAY DIFFRACTION4.217TORSIONAL
23C756X-RAY DIFFRACTION4.217TORSIONAL
24D756X-RAY DIFFRACTION4.217TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3-3.420.31061120.34112545265799
3.42-3.550.37481420.311325772719100
3.55-3.720.34971350.335625882723100
3.72-3.910.34761600.292725782738100
3.91-4.160.29811490.291626102759100
4.16-4.480.28441390.260625642703100
4.48-4.930.35271260.273726562782100
4.93-5.640.29271160.272926732789100
5.64-7.10.3131330.302126802813100
7.1-48.350.23511180.22552857297599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -45.7624 Å / Origin y: 42.9299 Å / Origin z: 30.3252 Å
111213212223313233
T0.7814 Å2-0.0084 Å20.0951 Å2-0.7818 Å20.0021 Å2--0.9468 Å2
L0.4596 °2-0.072 °2-0.2562 °2-0.45 °20.0565 °2--0.7833 °2
S-0.0188 Å °-0.0036 Å °0.0132 Å °-0.0041 Å °-0.0111 Å °0.0161 Å °-0.1574 Å °0.0272 Å °0.0392 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA109 - 495
2X-RAY DIFFRACTION1allA505
3X-RAY DIFFRACTION1allB109 - 495
4X-RAY DIFFRACTION1allB505
5X-RAY DIFFRACTION1allC110 - 495
6X-RAY DIFFRACTION1allC505
7X-RAY DIFFRACTION1allD109 - 495
8X-RAY DIFFRACTION1allD505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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