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- PDB-8edj: Crystal structure of rA3G-ssRNA-GA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8edj
タイトルCrystal structure of rA3G-ssRNA-GA
要素
  • DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
  • RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*UP*UP*U)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA / Deaminase / APOBEC / HYDROLASE / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / : / DNA cytosine deamination / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / P-body / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Novel AID APOBEC clade 2 / : / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Pacheco, J. / Yang, H.J. / Li, S.-X. / Chen, X.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI150524 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of sequence-specific RNA recognition by the antiviral factor APOBEC3G.
著者: Yang, H. / Kim, K. / Li, S. / Pacheco, J. / Chen, X.S.
履歴
登録2022年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _audit_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
R: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4505
ポリマ－48,2232
非ポリマー2273
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.305, 68.058, 129.312
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G / Deoxycytidine deaminase


分子量: 45144.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: APOBEC3G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: M1GSK9, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3078.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.18 M Na2SO4, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 83087 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08526 / Net I/σ(I): 21.01
反射 シェル解像度: 1.83→50 Å / Num. unique obs: 4301 / CC1/2: 0.953

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7UU4

7uu4


解像度: 1.83→42.027 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1921 2461 2.96 %
Rwork0.1681 80626 -
obs0.1689 83087 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.12 Å2 / Biso mean: 37.9933 Å2 / Biso min: 18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→42.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3104 125 7 330 3566
Biso mean--27.56 44.67 -
残基数----379
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.83-1.86520.3141330.25644421
1.8652-1.90330.28481390.24014546
1.9033-1.94470.29891370.24474411
1.9447-1.98990.23431400.21164519
1.9899-2.03970.21231390.18654489
2.0397-2.09480.20091360.18814424
2.0948-2.15650.21561430.17724507
2.1565-2.22610.17351320.1714486
2.2261-2.30560.19731350.18184514
2.3056-2.39790.22461350.17734447
2.3979-2.5070.21611430.17814515
2.507-2.63920.23251330.18514442
2.6392-2.80450.18931320.17524479
2.8045-3.0210.20591400.18324504
3.021-3.32490.17541400.16034464
3.3249-3.80570.18771380.14974505
3.8057-4.79380.13411290.13084467
4.7938-42.0270.18411370.16084486
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85030.10730.28461.84090.95322.60080.0060.067-0.0231-0.1896-0.03660.1439-0.059-0.11660.03020.18980.01-0.01890.21810.010.2328-9.221217.4064-50.4879
20.76260.231-0.63651.0781-0.88342.09710.0788-0.06960.05810.250.02610.0886-0.2781-0.0331-0.10180.2443-0.01460.00140.2174-0.01090.2543-9.040613.4698-19.4952
33.03980.4577-1.48234.55910.28192.60680.13570.30230.1963-0.1779-0.14710.3478-0.1767-0.1914-0.08510.25520.0332-0.01010.2803-0.04120.3093-7.93934.6261-40.5981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 140 )A4 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 141 through 380 )A141 - 380
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'R' and (resid 4 through 9 )R4 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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