+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ed5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of loop deletion AioX mutant from Pseudorhizobium sp. str. NT-26 | ||||||
要素 | Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein / Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudorhizobium banfieldiae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Maher, M.J. / Poddar, N. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Investigating the interaction of the periplasmic arsenite-binding protein, AioX with the sensor histidine kinase, AioS from Pseudorhizobium banfieldii sp. str. NT-26 著者: Maher, M.J. / Poddar, N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ed5.cif.gz | 73.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8ed5.ent.gz | 51.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ed5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/8ed5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/8ed5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 6eskS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33184.387 Da / 分子数: 1 / 変異: F57A, deletion of L58-N60 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudorhizobium banfieldiae (バクテリア) 遺伝子: aioX, NT26_p10026 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0NML6 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 25% (w/v) PEG 3350,0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→47.4 Å / Num. obs: 35865 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 26.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.83 Å / Num. unique obs: 1979 / CC1/2: 0.704 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ESK 解像度: 1.79→44.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.433 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.638 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.79→44.38 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|