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- PDB-8ed3: Structure of a nanoparticle with icosahedral symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ed3
タイトルStructure of a nanoparticle with icosahedral symmetry
要素Designed I3-01 icosahedron
キーワードDE NOVO PROTEIN / Protein design / nanoparticle
機能・相同性4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / (R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / KDPG/KHG aldolase / KDPG and KHG aldolase / Aldolase-type TIM barrel / 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者McCarthy, S. / Gonen, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Heliyon / 年: 2022
タイトル: Improved interface packing and design opportunities revealed by CryoEM analysis of a designed protein nanocage.
著者: Stephen McCarthy / Shane Gonen /
要旨: Symmetric protein assemblies play important roles in nature which makes them an attractive target for engineering. symmetric protein complexes can be created through computational protein design to ...Symmetric protein assemblies play important roles in nature which makes them an attractive target for engineering. symmetric protein complexes can be created through computational protein design to tailor their properties from first principles, and recently several protein nanocages have been created by bringing together protein components through hydrophobic interactions. Accurate experimental structures of newly-developed proteins are essential to validate their design, improve assembly stability, and tailor downstream applications. We describe the CryoEM structure of the nanocage I3-01, at an overall resolution of 3.5 Å. I3-01, comprising 60 aldolase subunits arranged with icosahedral symmetry, has resisted high-resolution characterization. Some key differences between the refined structure and the original design are identified, such as improved packing of hydrophobic sidechains, providing insight to the resistance of I3-01 to high-resolution averaging. Based on our analysis, we suggest factors important in the design and structural processing of new assemblies.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed I3-01 icosahedron
B: Designed I3-01 icosahedron
C: Designed I3-01 icosahedron
D: Designed I3-01 icosahedron
E: Designed I3-01 icosahedron
F: Designed I3-01 icosahedron
G: Designed I3-01 icosahedron
H: Designed I3-01 icosahedron
I: Designed I3-01 icosahedron
J: Designed I3-01 icosahedron
K: Designed I3-01 icosahedron
L: Designed I3-01 icosahedron
M: Designed I3-01 icosahedron
N: Designed I3-01 icosahedron
O: Designed I3-01 icosahedron
P: Designed I3-01 icosahedron
Q: Designed I3-01 icosahedron
R: Designed I3-01 icosahedron
S: Designed I3-01 icosahedron
T: Designed I3-01 icosahedron
U: Designed I3-01 icosahedron
V: Designed I3-01 icosahedron
W: Designed I3-01 icosahedron
X: Designed I3-01 icosahedron
Y: Designed I3-01 icosahedron
Z: Designed I3-01 icosahedron
0: Designed I3-01 icosahedron
1: Designed I3-01 icosahedron
2: Designed I3-01 icosahedron
3: Designed I3-01 icosahedron
4: Designed I3-01 icosahedron
5: Designed I3-01 icosahedron
6: Designed I3-01 icosahedron
7: Designed I3-01 icosahedron
8: Designed I3-01 icosahedron
9: Designed I3-01 icosahedron
a: Designed I3-01 icosahedron
b: Designed I3-01 icosahedron
c: Designed I3-01 icosahedron
d: Designed I3-01 icosahedron
e: Designed I3-01 icosahedron
f: Designed I3-01 icosahedron
g: Designed I3-01 icosahedron
h: Designed I3-01 icosahedron
i: Designed I3-01 icosahedron
j: Designed I3-01 icosahedron
k: Designed I3-01 icosahedron
l: Designed I3-01 icosahedron
m: Designed I3-01 icosahedron
n: Designed I3-01 icosahedron
o: Designed I3-01 icosahedron
p: Designed I3-01 icosahedron
q: Designed I3-01 icosahedron
r: Designed I3-01 icosahedron
s: Designed I3-01 icosahedron
t: Designed I3-01 icosahedron
u: Designed I3-01 icosahedron
v: Designed I3-01 icosahedron
w: Designed I3-01 icosahedron
x: Designed I3-01 icosahedron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,299,63560
ポリマ－1,299,63560
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Designed I3-01 icosahedron / 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase


分子量: 21660.584 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 / 遺伝子: Tmari_0063 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G4FGY1, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase, 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: I3-01 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 2.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Rosettaモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 147349 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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