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万見
- PDB-8ech: Tick-borne encephalitis virus capsid protein NLS bound to host im... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ech
タイトルTick-borne encephalitis virus capsid protein NLS bound to host importin alpha 2
要素
  • Capsid protein C
  • Importin subunit alpha-1
キーワードVIRAL PROTEIN / bipartite / nuclear import / capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / viral capsid / host cell ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / viral capsid / host cell / DNA-binding transcription factor binding / protein dimerization activity / postsynaptic density / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / glutamatergic synapse / structural molecule activity / extracellular region / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Armadillo-like helical / Immunoglobulin E-set / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyprotein / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Roby, J.A. / Forwood, J.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and biological functions of tick-borne encephalitis virus capsid protein
著者: Selinger, M. / Novotny, R. / Sys, J. / Roby, J.A. / Tykalova, H. / Ranjani, G.S. / Vancova, M. / Jaklova, K. / Kaufman, F. / Bloom, M.E. / Zdrahal, Z. / Grubhoffer, L. / Forwood, J.K. / ...著者: Selinger, M. / Novotny, R. / Sys, J. / Roby, J.A. / Tykalova, H. / Ranjani, G.S. / Vancova, M. / Jaklova, K. / Kaufman, F. / Bloom, M.E. / Zdrahal, Z. / Grubhoffer, L. / Forwood, J.K. / Hrabal, R. / Rumlova, M. / Sterba, J.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Capsid protein C
E: Importin subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8472
ポリマ－57,8472
非ポリマー00
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area18470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)78.209, 90.050, 99.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Capsid protein C


分子量: 2578.204 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 76-96 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: M1LJY4
#2: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 55268.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P52293
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.7 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→29.52 Å / Num. obs: 44694 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / Num. unique obs: 3429 / Rpim(I) all: 0.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19rc4_4035: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6bw0

6bw0


解像度: 2.05→29.52 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2191 2208 4.95 %
Rwork0.1931 --
obs0.1945 44587 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3345 0 0 162 3507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5484622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2651256
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.090.37041300.34232633X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.140.33781140.32604X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.20.34341310.26092629X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.260.29091470.23142610X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.320.22381410.21352579X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.40.30781360.21112630X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.480.26661200.21342645X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.580.2451300.21722634X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.70.24631390.22272616X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.840.23431460.20572630X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.020.19821350.21772666X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.250.28211240.22282650X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.580.23651400.19732659X-RAY DIFFRACTION100
3.58-4.10.17281360.16242717X-RAY DIFFRACTION100
4.1-5.160.16731570.14882679X-RAY DIFFRACTION100
5.16-29.520.2041820.17122798X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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