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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ec3 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the complement inhibitory domain of Borrelia hermsii FbpC. | ||||||
![]() | Fibronectin-binding protein | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Borrelia hermsii / complement / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Fibronectin-binding protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Booth, C.E. / Garcia, B.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational dynamics of complement protease C1r inhibitor proteins from Lyme disease- and relapsing fever-causing spirochetes. 著者: Roy, S. / Booth Jr., C.E. / Powell-Pierce, A.D. / Schulz, A.M. / Skare, J.T. / Garcia, B.L. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: "Conformational dynamics of C1r inhibitor proteins from Lyme disease and relapsing fever spirochetes". 著者: Roy, S. / Booth, C.E. / Powell-Pierce, A.D. / Schulz, A.M. / Skare, J.T. / Garcia, B.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 420.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18881.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cihC, A0V01_04335, BHA007 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 % / 解説: Large birefringent plates |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Crystals were grown in the following condition containing 0.2M magnesium (II) chloride, 0.1M bis-tris (pH 5.5), and 25% PEG 3,350. Crystals were cryoprotected in a buffer containing 0.2M ...詳細: Crystals were grown in the following condition containing 0.2M magnesium (II) chloride, 0.1M bis-tris (pH 5.5), and 25% PEG 3,350. Crystals were cryoprotected in a buffer containing 0.2M magnesium (II) chloride, 0.1M sodium citrate (pH 5.4), 25% PEG 3,350, and 10% glycerol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月29日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→31.28 Å / Num. obs: 23546 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2109 / CC1/2: 0.87 / CC star: 0.965 / Rpim(I) all: 0.218 / Rrim(I) all: 0.509 / % possible all: 89.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: AlphaFold 解像度: 1.5→31.28 Å / SU ML: 0.1587 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.9463 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→31.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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