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万見
- PDB-8ebf: C-terminal (TPR) domain of LIC11990 from Leptospira interrogans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ebf
タイトルC-terminal (TPR) domain of LIC11990 from Leptospira interrogans
要素Cytoplasmic membrane protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / tetra-trico-peptide repeats / pathogenesis / virulence / leptospirosis
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cytoplasmic membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira interrogans serovar Copenhageni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Larrieux, N. / Buschiazzo, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and function of a novel membrane-associated protein from Leptospira interrogans (gene LIC11990)
著者: Wunder, E.A. / Larrieux, N. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2022年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8776
ポリマ－82,5161
非ポリマー3615
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.656, 100.093, 170.205
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytoplasmic membrane protein


分子量: 82515.867 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal (TPR) domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Copenhageni (バクテリア)
遺伝子: LIC_11990 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q72QW8
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 0.3 M magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43.68 Å / Num. obs: 29774 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 76.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1503 / CC1/2: 0.6 / Rrim(I) all: 1.8 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (8-JUN-2022)精密化
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→43.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU R Cruickshank DPI: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.469 / SU Rfree Blow DPI: 0.292 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.298
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2776 1465 -RANDOM
Rwork0.2355 ---
obs0.2377 29774 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 85.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--30.9669 Å20 Å20 Å2
2--12.1431 Å20 Å2
3---18.8238 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5325 0 24 28 5377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0075463HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.867371HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1912SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes948HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5463HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion688SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4353SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.16
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.52 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4442 43 -
Rwork0.3917 --
obs0.3955 596 96.41 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4519-0.22960.27441.27050.3091.7344-0.18790.433-0.07160.4330.1635-0.0395-0.0716-0.03950.02430.7571-0.002-0.03310.33350.05050.45427.237112.974441.5986
20.6483-0.6528-0.27242.27540.212812.052-0.00030.34240.29150.3424-0.2263-0.38990.2915-0.38990.22660.5207-0.1560.05390.6501-0.02730.477426.664320.3766.3797
33.65250.9061.12375.09332.77966.6590.3250.04551.07390.0455-0.0256-0.16241.0739-0.1624-0.29950.585-0.0179-0.00130.4516-0.03980.510132.58069.0239-16.8995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|513 - A|944 }A513 - 944
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|945 - A|1045 }A945 - 1045
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|1046 - A|1191 }A1046 - 1191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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