PDB-8ebb: Crystal structure of SIX6 from Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ebb

タイトル

Crystal structure of SIX6 from Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici

要素

(Secreted in xylem Six6) x 2

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Fungal effector / SIX6

機能・相同性

D(-)-TARTARIC ACID / Secreted in xylem Six6

機能・相同性情報

生物種

Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Yu, D.S. / Ericsson, D.J. / Williams, S.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: The structural repertoire of Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici effectors revealed by experimental and computational studies.
著者: Yu, D.S. / Outram, M.A. / Smith, A. / McCombe, C.L. / Khambalkar, P.B. / Rima, S.A. / Sun, X. / Ma, L. / Ericsson, D.J. / Jones, D.A. / Williams, S.J.

履歴

登録	2022年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.id ..._citation.country / _citation.id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.citation_id
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ebb.cif.gz	190.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ebb.ent.gz	125.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ebb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8eb9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Secreted in xylem Six6

B: Secreted in xylem Six6

C: Secreted in xylem Six6

ヘテロ分子

43.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Secreted in xylem Six6

C: Secreted in xylem Six6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Secreted in xylem Six6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.303, 93.544, 60.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Secreted in xylem Six6 分子量: 18862.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SIX6 protein with pro-domain removed 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (菌類) 遺伝子: SIX6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9WMG8
#2: タンパク質・ペプチド	Secreted in xylem Six6 分子量: 5265.721 Da / 分子数: 1 / Fragment: prodomain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (菌類) 遺伝子: SIX6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9WMG8
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium tartrate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95336 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95336 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→47.4 Å / Num. obs: 35252 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.81 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.88→1.92 Å / R_merge(I) obs: 1.429 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2205 / CC_1/2: 0.571 / R_pim(I) all: 0.857 / R_rim(I) all: 1.668

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SIX6 alphafold model

解像度: 1.88→46.77 Å / SU ML: 0.2254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3959
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	2000	5.68 %
R_work	0.1932	33206	-
obs	0.1948	35206	97.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→46.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2787	0	20	191	2998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	2873
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9326	3897
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0623	414
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0092	513
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.98	389

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.92	0.311	139	0.2851	2310	X-RAY DIFFRACTION	96.61
1.92-1.98	0.2885	140	0.2563	2317	X-RAY DIFFRACTION	97.46
1.98-2.03	0.2743	142	0.2514	2356	X-RAY DIFFRACTION	97.16
2.03-2.1	0.2839	139	0.2401	2316	X-RAY DIFFRACTION	97.19
2.1-2.17	0.3075	142	0.2188	2367	X-RAY DIFFRACTION	97.63
2.17-2.26	0.2889	141	0.2198	2329	X-RAY DIFFRACTION	97.74
2.26-2.36	0.235	137	0.2207	2266	X-RAY DIFFRACTION	94.35
2.36-2.49	0.3039	144	0.231	2389	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.49-2.65	0.2829	143	0.2331	2377	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.65-2.85	0.24	145	0.2055	2406	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.85-3.14	0.207	144	0.2095	2398	X-RAY DIFFRACTION	98.57
3.14-3.59	0.2187	145	0.1867	2422	X-RAY DIFFRACTION	98.35
3.59-4.52	0.1774	142	0.1535	2355	X-RAY DIFFRACTION	95.02
4.52-46.77	0.1656	157	0.1599	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.21

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.24396796987	-2.65885683429	-0.0188779712486	7.45994179817	0.452846278288	1.51141478844	-0.0996776725616	-0.0847868105547	0.0913254300659	0.391965058067	0.267528406617	-0.647036212915	-0.0939666552782	0.0318426214861	-0.207422774817	0.256188025144	-0.00248474756028	-0.0664161785158	0.224032795169	-0.0169515624478	0.276643734629	11.6757293739	8.5786507335	5.71548544818
2	4.09457796541	0.541530509916	-0.98755869932	3.33757296692	-0.223005682197	2.14407680556	-0.0960533693603	0.0791643834174	0.0995203347431	0.112190312488	0.118805320468	0.191718664236	-0.100099059832	-0.104698788845	-0.0264143844579	0.227414327132	0.0272858584477	-0.010980316466	0.192069700896	0.00562739244632	0.209325098368	-2.60507678062	23.8268615309	0.221310568547
3	5.10535478103	-0.941447149344	3.09122522655	1.15566364547	-0.330800879453	1.96954989332	-0.0671525154931	0.0613051028003	-0.52302511578	0.0972809959749	0.342150854575	0.288147351657	-0.320401888915	-0.154433801437	-0.303102236222	0.369826218455	0.0045291065731	0.0141968225303	0.405461976276	0.0897762240832	0.360569756813	-14.245695727	9.43898111438	-28.8779871418
4	4.70466142088	2.60135201069	-3.55764657928	3.60088105989	-3.39032786719	3.63510267319	-0.0477864445427	0.460285230991	0.282963760645	0.0611654260302	0.241358000998	0.539363949398	-0.738845076611	0.436948239812	-0.112322525669	0.467065397046	-0.179403761523	-0.0557916076946	0.638106361628	0.188341633961	0.420794891569	-11.5367952826	6.37794252932	-31.1631870901
5	2.99713932006	1.2502416783	0.555947313476	3.25357764138	1.17227779546	2.93802332332	-0.159946851044	0.444671892823	0.0843367292645	-0.158959458073	0.334564105932	-0.220346853146	-0.117637304385	0.0401971618272	-0.16878727786	0.328244502967	-0.0612103889728	0.0444707576567	0.367299315509	0.0238028500478	0.238056024217	7.56316100121	21.353394823	-24.6010655562
6	2.20388847709	-1.48428007237	2.52100668122	3.49276260216	1.38087798803	9.75741147794	-0.161679584816	-0.0842323841124	0.831937672479	0.533754015707	-0.219088857719	0.767363939732	-0.820597785961	-0.4969544971	0.27822698524	0.425899134253	0.0745566148354	-0.0183010035198	0.241523355336	-0.0752509116113	0.545227139042	-2.25442378394	35.542429516	5.58488419975
7	4.12564419198	-4.83084773355	-1.6098409148	5.72219582842	1.38994591941	4.59938402015	0.0721908466715	-0.479180783629	0.302147319335	0.281602971826	0.196514109539	-0.785863844043	-0.234831486541	0.172321153933	-0.266020853125	0.449258883936	-0.0523729813919	-0.0625047914378	0.286980935722	-0.0368123144946	0.397514174346	10.1600051908	28.5495961204	5.21103629571
8	8.03207293835	-7.57768585668	-6.34414911457	7.57731797251	6.80906364626	6.59608750117	-0.139313944395	-0.531030599319	-0.643132639487	-0.239382599524	0.80315770865	-0.98612898145	0.385553808455	0.963989671961	-0.51622597798	0.210198378047	0.0223233830343	-0.0111285273444	0.309468416099	-0.0607951560672	0.658739086928	19.6333685765	17.7896583166	0.518649843332
9	0.824553277907	0.981284311262	-1.96197122672	5.6570074159	0.638090979861	6.65018242453	0.51161054008	0.195522198742	0.172435026779	-0.904515328365	0.296615205676	-0.339572990096	0.127326377863	-0.211966918298	-0.616888131936	0.534881294505	0.0791686740207	0.123130915588	0.393392606085	0.202211528362	1.10278337635	18.2687749368	14.8242979869	-2.63169508435

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 58 through 127 )	A	A	58 - 127	1 - 70
2	2	chain 'A' and (resid 128 through 226 )	A	A	128 - 226	71 - 169
3	3	chain 'B' and (resid 57 through 88 )	B	C	57 - 88	1 - 32
4	4	chain 'B' and (resid 89 through 105 )	B	C	89 - 105	33 - 49
5	5	chain 'B' and (resid 106 through 226 )	B	C	106 - 226	50 - 170
6	6	chain 'C' and (resid 29 through 33 )	C	E	29 - 33	1 - 5
7	7	chain 'C' and (resid 34 through 38 )	C	E	34 - 38	6 - 10
8	8	chain 'C' and (resid 39 through 43 )	C	E	39 - 43	11 - 15
9	9	chain 'C' and (resid 44 through 46 )	C	E	44 - 46	16 - 18

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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