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- PDB-8eb7: Cryo-EM structure of the in-situ gp4-gp10-gp9N from bacteriophage P22 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eb7
タイトルCryo-EM structure of the in-situ gp4-gp10-gp9N from bacteriophage P22
要素
  • Packaged DNA stabilization protein gp10
  • Peptidoglycan hydrolase gp4
  • Tail spike protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Bacteriophage P22
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,3-alpha-L-rhamnosidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope lipopolysaccharide / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, fiber / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell ...endo-1,3-alpha-L-rhamnosidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope lipopolysaccharide / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, fiber / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / hydrolase activity / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Tailspike Protein; Chain / Phage P22 tailspike-like, N-terminal domain / Bacteriophage P22, Gp10, DNA-stabilising / Phage stabilisation protein / Tail accessory factor GP4 / Peptidoglycan hydrolase Gp4 superfamily / P22 tail accessory factor / P22 tailspike C-terminal domain / Salmonella phage P22 tail-spike / Bacteriophage P22 tailspike, N-terminal ...Tailspike Protein; Chain / Phage P22 tailspike-like, N-terminal domain / Bacteriophage P22, Gp10, DNA-stabilising / Phage stabilisation protein / Tail accessory factor GP4 / Peptidoglycan hydrolase Gp4 superfamily / P22 tail accessory factor / P22 tailspike C-terminal domain / Salmonella phage P22 tail-spike / Bacteriophage P22 tailspike, N-terminal / Phage P22 tailspike-like, N-terminal domain superfamily / Head binding / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail spike protein / Peptidoglycan hydrolase gp4 / Packaged DNA stabilization protein gp10
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella phage P22 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wang, C. / Liu, J. / Molineux, I.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: In-situ structure of tail machine reveals mechanistic insights into P22 assembly
著者: Wang, C. / Liu, J. / Molineux, I.J.
履歴
登録2022年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Tail spike protein
A: Tail spike protein
B: Tail spike protein
C: Tail spike protein
D: Tail spike protein
E: Peptidoglycan hydrolase gp4
F: Tail spike protein
G: Peptidoglycan hydrolase gp4
H: Peptidoglycan hydrolase gp4
I: Peptidoglycan hydrolase gp4
J: Peptidoglycan hydrolase gp4
K: Peptidoglycan hydrolase gp4
L: Peptidoglycan hydrolase gp4
M: Peptidoglycan hydrolase gp4
N: Peptidoglycan hydrolase gp4
O: Peptidoglycan hydrolase gp4
P: Peptidoglycan hydrolase gp4
Q: Peptidoglycan hydrolase gp4
R: Packaged DNA stabilization protein gp10
S: Packaged DNA stabilization protein gp10
T: Packaged DNA stabilization protein gp10
U: Packaged DNA stabilization protein gp10
V: Packaged DNA stabilization protein gp10
W: Packaged DNA stabilization protein gp10
X: Tail spike protein
Y: Tail spike protein
Z: Tail spike protein
a: Tail spike protein
b: Tail spike protein
c: Tail spike protein
d: Tail spike protein
e: Tail spike protein
f: Tail spike protein
g: Tail spike protein
h: Tail spike protein
i: Tail spike protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)729,05536
ポリマ－729,05536
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Tail spike protein / TSP / Endo-1 / 3-alpha-L-rhamnosidase / Endorhamnosidase / Gene product 9 / gp9


分子量: 12126.580 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Salmonella phage P22 (ファージ)
参照: UniProt: P12528, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: タンパク質
Peptidoglycan hydrolase gp4 / Gene product 4 / Gp4 / Internal virion protein gp4 / Tail adapter protein gp4


分子量: 16359.296 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Salmonella phage P22 (ファージ) / 参照: UniProt: P26746
#3: タンパク質
Packaged DNA stabilization protein gp10


分子量: 52410.852 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Salmonella phage P22 (ファージ) / 参照: UniProt: P26749
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the in-situ gp4-gp10-gp9N from bacteriophage P22
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Salmonella phage P22 (ファージ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32650 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00452332
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62971100
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.6517248
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0497854
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0059330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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