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- PDB-8ea1: Structure of kudzu 2-hydroxyisoflavanone dehydratase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ea1
タイトルStructure of kudzu 2-hydroxyisoflavanone dehydratase in complex with P-NITROPHENOL
要素2-hydroxyisoflavanone dehydratase
キーワードPLANT PROTEIN / dehydratase / dehydration / carboxylesterase / Pueraria lobata
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxyisoflavanone dehydratase / carboxylic ester hydrolase activity / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Lipase, GDXG, putative histidine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative histidine active site. / : / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
P-NITROPHENOL / 2-hydroxyisoflavanone dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Pueraria montana var. lobata (クズ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Pan, H. / Wang, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: The protein conformational basis of isoflavone biosynthesis.
著者: Wang, X. / Pan, H. / Sagurthi, S. / Paris, V. / Zhuo, C. / Dixon, R.A.
履歴
登録2022年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxyisoflavanone dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0592
ポリマ－38,9201
非ポリマー1391
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.844, 102.844, 70.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 2-hydroxyisoflavanone dehydratase


分子量: 38919.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pueraria montana var. lobata (クズ)
プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9M5G1
#2: 化合物 ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL


分子量: 139.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 18% PEG3350, 0.1 M HEPES pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 19522 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 51.67 Å2 / CC1/2: 0.86 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 42.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 1912 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O7R

2o7r


解像度: 2.29→30.36 Å / SU ML: 0.2849 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.719
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 996 5.12 %
Rwork0.1806 18471 -
obs0.1816 19467 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→30.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2442 0 10 83 2535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00782522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12733441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7366891
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.420.31631420.23432600X-RAY DIFFRACTION99.53
2.42-2.570.2631480.21792588X-RAY DIFFRACTION99.64
2.57-2.760.24521480.21432606X-RAY DIFFRACTION99.82
2.76-3.040.27241320.22282639X-RAY DIFFRACTION99.89
3.04-3.480.21381410.20762635X-RAY DIFFRACTION99.93
3.48-4.380.17441550.16552652X-RAY DIFFRACTION100
4.39-30.360.1691300.15252751X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.4561170985 Å / Origin y: 14.8050858067 Å / Origin z: -0.543461019972 Å
111213212223313233
T0.460447951088 Å20.0191170025425 Å20.101885832736 Å2-0.416449895998 Å20.0268645761977 Å2--0.395231597061 Å2
L1.2982571632 °2-0.189594364614 °20.0533687960472 °2-2.81790449696 °2-0.166227562818 °2--1.73148909426 °2
S0.092220376744 Å °-0.0954606533257 Å °-0.0396851855379 Å °0.668837990138 Å °-0.0337740446324 Å °0.323270395683 Å °-0.174693690366 Å °-0.372900510501 Å °-0.0539854713795 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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