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- PDB-8e9a: Crystal structure of AsfvPolX in complex with 10-23 DNAzyme and Mg -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e9a
タイトルCrystal structure of AsfvPolX in complex with 10-23 DNAzyme and Mg
要素
  • DNA/RNA (52-MER)
  • Repair DNA polymerase X
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNAzyme / DNA / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Repair DNA polymerase X
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus BA71V (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Cramer, E.R. / Robart, A.R. / Kaya, A.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM133857 米国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Structure of a 10-23 deoxyribozyme exhibiting a homodimer conformation.
著者: Cramer, E.R. / Starcovic, S.A. / Avey, R.M. / Kaya, A.I. / Robart, A.R.
履歴
登録2022年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repair DNA polymerase X
B: Repair DNA polymerase X
C: DNA/RNA (52-MER)
D: DNA/RNA (52-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,50422
ポリマ－73,0824
非ポリマー42218
水57632
1
A: Repair DNA polymerase X
C: DNA/RNA (52-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,75011
ポリマ－36,5412
非ポリマー2109
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Repair DNA polymerase X
D: DNA/RNA (52-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,75311
ポリマ－36,5412
非ポリマー2129
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.829, 48.419, 139.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Repair DNA polymerase X / Pol X / AsfvPolX


分子量: 20438.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス)
株: Badajoz 1971 Vero-adapted / 遺伝子: Ba71V-97, O174L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42494, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA/RNA (52-MER)


分子量: 16102.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.76 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES (pH 7.5), and 25% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→139.85 Å / Num. obs: 21227 / % possible obs: 97.53 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 74.42 Å2 / CC1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 2.69→2.82 Å / Num. unique obs: 2818 / CC1/2: 0.305 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XM8

5xm8


解像度: 2.69→69.92 Å / SU ML: 0.478 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.7597
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2886 1035 4.88 %
Rwork0.255 20191 -
obs0.2566 21226 97.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→69.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4882 0 18 32 4932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01075179
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15927395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495846
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.95942104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.830.38211320.37492519X-RAY DIFFRACTION86.41
2.83-3.010.35381600.3472823X-RAY DIFFRACTION97.8
3.01-3.240.35641660.31982917X-RAY DIFFRACTION99.94
3.24-3.570.30981440.25792936X-RAY DIFFRACTION99.84
3.57-4.080.29581540.26492943X-RAY DIFFRACTION99.74
4.08-5.140.27411340.23512980X-RAY DIFFRACTION99.27
5.15-69.920.24911450.22143073X-RAY DIFFRACTION99.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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