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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8.0E+87 | ||||||||||||
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タイトル | Human DNA polymerase eta-DNA-rA-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mg2+ | ||||||||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH ...response to UV-C / DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / response to radiation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / site of double-strand break / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Chang, C. / Gao, Y. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. 著者: Chang, C. / Lee Luo, C. / Eleraky, S. / Lin, A. / Zhou, G. / Gao, Y. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8e85C ![]() 8e86C ![]() 8e88C ![]() 8e89C ![]() 8e8aC ![]() 8e8bC ![]() 8e8cC ![]() 8e8dC ![]() 8e8eC ![]() 8e8fC ![]() 8e8gC ![]() 8e8hC ![]() 8e8jC ![]() 8e8kC ![]() 7m7lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / DNA鎖 / DNA/RNAハイブリッド , 3種, 3分子 ATP
#1: タンパク質 | 分子量: 48617.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3628.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 2451.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 10分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/XG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/XG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-XG4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 2000MME, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.19→42.32 Å / Num. obs: 44645 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.778 % / Biso Wilson estimate: 34.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 24.84 / Num. measured all: 213299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7M7L 解像度: 2.19→42.32 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 129.99 Å2 / Biso mean: 40.2789 Å2 / Biso min: 19.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.19→42.32 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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