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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8.0E+83 | ||||||
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タイトル | Structure of 2-hydroxyisoflavanone synthase from Medicago truncatula | ||||||
![]() | Isoflavone synthase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / isoflavonoid / aryl-ring migration / hydroxylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-hydroxyisoflavanone synthase / 2-hydroxyisoflavanone synthase activity / iron ion binding / heme binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pan, H. / Wang, X. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: The protein conformational basis of isoflavone biosynthesis. 著者: Wang, X. / Pan, H. / Sagurthi, S. / Paris, V. / Zhuo, C. / Dixon, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 443.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 321 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ea1C ![]() 8ea2C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57050.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MtrunA17_Chr4g0046351 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.2 M ammonium tartrate dibasic, 0.05 M imidazole, 30% (w/v)PEG3350 and 0.1M K2HPO4/NaH2PO4 (pH6.8) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→42.7 Å / Num. obs: 71558 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 29.5055778015 Å2 / CC1/2: 0.82 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6584 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 87.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: SeMet protein structure 解像度: 2→42.7 Å / SU ML: 0.226254793945 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.724302692 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→42.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.7647587292 Å / Origin y: 0.589454493421 Å / Origin z: 36.5490639077 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |