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万見
- PDB-8e7z: RsTSPO mutant -A138F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e7z
タイトルRsTSPO mutant -A138F
要素Tryptophan-rich sensory protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Translocator Protein 18 kD / TSPO
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrapyrrole metabolic process / tetrapyrrole binding / lipid binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TspO/MBR-related protein / TspO/MBR-related superfamily / TspO/MBR family
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tryptophan-rich sensory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, J. / Hiser, C. / Li, F. / Garavito, R. / Ferguson-Miller, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: New TSPO Crystal Structures of Mutant and Heme-Bound Forms with Altered Flexibility, Ligand Binding, and Porphyrin Degradation Activity.
著者: Liu, J. / Hiser, C. / Li, F. / Hall, R. / Garavito, R.M. / Ferguson-Miller, S.
履歴
登録2022年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan-rich sensory protein
B: Tryptophan-rich sensory protein
C: Tryptophan-rich sensory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,28118
ポリマ－54,1833
非ポリマー5,09815
水81145
1
A: Tryptophan-rich sensory protein
B: Tryptophan-rich sensory protein
ヘテロ分子

A: Tryptophan-rich sensory protein
B: Tryptophan-rich sensory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,37524
ポリマ－72,2454
非ポリマー7,13120
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area28290 Å2
手法PISA
2
C: Tryptophan-rich sensory protein
ヘテロ分子

C: Tryptophan-rich sensory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,18712
ポリマ－36,1222
非ポリマー3,06510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3880 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area14510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.553, 99.535, 95.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-313-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...
21(chain B and (resid 3 through 32 or (resid 33...
31(chain C and (resid 3 through 42 or (resid 43...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...A3 - 27
121(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...A28 - 29
131(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...A1 - 156
141(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...A1 - 156
151(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...A1 - 156
161(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...A1 - 156
211(chain B and (resid 3 through 32 or (resid 33...B3 - 32
221(chain B and (resid 3 through 32 or (resid 33...B33
231(chain B and (resid 3 through 32 or (resid 33...B3 - 157
241(chain B and (resid 3 through 32 or (resid 33...B3 - 157
251(chain B and (resid 3 through 32 or (resid 33...B3 - 157
261(chain B and (resid 3 through 32 or (resid 33...B3 - 157
311(chain C and (resid 3 through 42 or (resid 43...C3 - 42
321(chain C and (resid 3 through 42 or (resid 43...C43
331(chain C and (resid 3 through 42 or (resid 43...C2 - 150
341(chain C and (resid 3 through 42 or (resid 43...C2 - 150
351(chain C and (resid 3 through 42 or (resid 43...C2 - 150
361(chain C and (resid 3 through 42 or (resid 43...C0
371(chain C and (resid 3 through 42 or (resid 43...C2 - 150
381(chain C and (resid 3 through 42 or (resid 43...C2 - 150
391(chain C and (resid 3 through 42 or (resid 43...C2 - 150
3101(chain C and (resid 3 through 42 or (resid 43...C2 - 150
3111(chain C and (resid 3 through 42 or (resid 43...C2 - 150

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan-rich sensory protein / TSPO / Translocator protein TspO / TspO regulatory protein


分子量: 18061.137 Da / 分子数: 3 / 変異: A138F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: tspO, crtK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RFC8
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 26-30% PEG600, HEPES pH 7.5, 100mM Sodium Acetate, 100mM Zinc Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.14 Å / Num. obs: 16650 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.371 / Num. unique obs: 1658 / CC1/2: 0.615

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UC1

4uc1


解像度: 2.6→47.13 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 833 5.01 %
Rwork0.2036 15801 -
obs0.2065 16634 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.68 Å2 / Biso mean: 34.5347 Å2 / Biso min: 13.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→47.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3639 0 297 45 3981
Biso mean--45.28 36.52 -
残基数----459
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1329X-RAY DIFFRACTION6.274TORSIONAL
12B1329X-RAY DIFFRACTION6.274TORSIONAL
13C1329X-RAY DIFFRACTION6.274TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6-2.760.29251390.223226392778
2.76-2.980.27791370.216626002737
2.98-3.280.27821380.216926202758
3.28-3.750.24561390.204526212760
3.75-4.720.27861390.189926392778
4.72-47.130.23251410.197626822823

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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