PDB-8e7x: RsTSPO A138F with one Heme bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e7x

タイトル

RsTSPO A138F with one Heme bound

要素

Tryptophan-rich sensory protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Translocator Protein 18 kD / TSPO

機能・相同性

機能・相同性情報

tetrapyrrole metabolic process / tetrapyrrole binding / lipid binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Cereibacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Liu, J. / Hiser, C. / Li, F. / Garavito, R. / Ferguson-Miller, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: New TSPO Crystal Structures of Mutant and Heme-Bound Forms with Altered Flexibility, Ligand Binding, and Porphyrin Degradation Activity.
著者: Liu, J. / Hiser, C. / Li, F. / Hall, R. / Garavito, R.M. / Ferguson-Miller, S.

履歴

登録	2022年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e7x.cif.gz	111.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e7x.ent.gz	84.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e7x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/8e7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/8e7x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8e7wC 8e7yC 8e7zC 4uc1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptophan-rich sensory protein

B: Tryptophan-rich sensory protein

C: Tryptophan-rich sensory protein

ヘテロ分子

58 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophan-rich sensory protein

B: Tryptophan-rich sensory protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Tryptophan-rich sensory protein

ヘテロ分子

C: Tryptophan-rich sensory protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.952, 100.103, 95.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.230, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...
2	1	(chain B and (resid 3 through 25 or (resid 26...
3	1	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	PRO	PRO	(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...	A	A	3 - 27	3 - 27
1	2	ASP	ASP	GLU	GLU	(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...	A	A	28 - 29	28 - 29
1	3	MET	MET	ARG	ARG	(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...	A	A	1 - 157	1 - 157
1	4	MET	MET	ARG	ARG	(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...	A	A	1 - 157	1 - 157
1	5	MET	MET	ARG	ARG	(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...	A	A	1 - 157	1 - 157
1	6	MET	MET	ARG	ARG	(chain A and (resid 3 through 27 or (resid 28...	A	A	1 - 157	1 - 157
2	1	MET	MET	LEU	LEU	(chain B and (resid 3 through 25 or (resid 26...	B	B	3 - 25	3 - 25
2	2	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain B and (resid 3 through 25 or (resid 26...	B	B	26	26
2	3	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain B and (resid 3 through 25 or (resid 26...	B	B	2 - 157	2 - 157
2	4	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain B and (resid 3 through 25 or (resid 26...	B	B	2 - 157	2 - 157
2	5	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain B and (resid 3 through 25 or (resid 26...	B	B	2 - 157	2 - 157
2	6	ASN	ASN	ARG	ARG	(chain B and (resid 3 through 25 or (resid 26...	B	B	2 - 157	2 - 157
3	1	MET	MET	ASP	ASP	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...	C	C	3 - 32	3 - 32
3	2	ASN	ASN	LEU	LEU	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...	C	C	33 - 34	33 - 34
3	3	ASN	ASN	ASN	ASN	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...	C	C	2 - 150	2 - 150
3	4	ASN	ASN	ASN	ASN	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...	C	C	2 - 150	2 - 150
3	5	ASN	ASN	ASN	ASN	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...	C	C	2 - 150	2 - 150
3	6	ASN	ASN	ASN	ASN	(chain C and (resid 3 through 32 or (resid 33...	C	C	2 - 150	2 - 150

#1: タンパク質	Tryptophan-rich sensory protein / TSPO / Translocator protein TspO / TspO regulatory protein 分子量: 18061.137 Da / 分子数: 3 / 変異: A138F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: tspO, crtK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RFC8
#2: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 28-30% PEG1000, 50mM Sodium Chloride, 20mM Glycine (pH 9.0), 6% 2-Propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→44.2 Å / Num. obs: 30027 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.17 Å / R_merge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3066 / CC_1/2: 0.654

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UC1

4uc1

解像度: 2.1→44.19 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	1487	4.96 %
R_work	0.1961	28515	-
obs	0.1979	30002	95.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.48 Å² / B_iso mean: 30.7942 Å² / B_iso min: 13.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→44.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3646	0	225	54	3925
B_iso mean	-	-	43.97	32.78	-
残基数	-	-	-	-	462

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1332	X-RAY DIFFRACTION	8.336	TORSIONAL
1	2	B	1332	X-RAY DIFFRACTION	8.336	TORSIONAL
1	3	C	1332	X-RAY DIFFRACTION	8.336	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.17	0.2856	122	0.2498	2646	2768	98
2.17-2.25	0.2782	140	0.2232	2671	2811	99
2.25-2.34	0.2823	144	0.2155	2641	2785	98
2.34-2.44	0.2367	136	0.2021	2618	2754	97
2.44-2.57	0.236	149	0.1882	2575	2724	96
2.57-2.73	0.2203	122	0.1857	2646	2768	97
2.73-2.94	0.2411	151	0.1851	2579	2730	96
2.94-3.24	0.2555	130	0.1976	2568	2698	95
3.24-3.71	0.2304	135	0.1894	2556	2691	95
3.71-4.67	0.2185	121	0.1893	2548	2669	93
4.67-44.19	0.2	137	0.192	2467	2604	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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