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- PDB-8e7n: Crystal structure of beluga whale Gammacoronavirus SW1 Mpro with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e7n
タイトルCrystal structure of beluga whale Gammacoronavirus SW1 Mpro with GC-376 captured in two conformational states
要素main protease
キーワードVIRAL PROTEIN / Gammacoronavirus / PROTEASE / DRUG RESISTANCE / COMPLEX / HYDROLASE / DURG DISCOVERY / MAIN PROTEASE / MPRO / SUBSTRATE COMPLEX / GC-376 / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE-INHIBITOR complex / SW1 / Beluga Whale / Whale
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / omega peptidase activity / endonuclease activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm ...host cell membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / omega peptidase activity / endonuclease activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 5, gammacoronavirus / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / NSP15, NendoU domain, coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus ...Non-structural protein 5, gammacoronavirus / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / NSP15, NendoU domain, coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus replicase NSP9 / Trypsin-like serine proteases / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Thrombin, subunit H / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-B1S / Chem-K36 / ORF1ab polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Beluga whale coronavirus SW1 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Shaqra, A.M. / Schiffer, C.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2023
タイトル: Crystal Structures of Inhibitor-Bound Main Protease from Delta- and Gamma-Coronaviruses.
著者: Zvornicanin, S.N. / Shaqra, A.M. / Huang, Q.J. / Ornelas, E. / Moghe, M. / Knapp, M. / Moquin, S. / Dovala, D. / Schiffer, C.A. / Kurt Yilmaz, N.
履歴
登録2022年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: main protease
B: main protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,51912
ポリマ－67,0242
非ポリマー2,49510
水14,304794
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.083, 84.159, 68.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 main protease / Mpro


分子量: 33512.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Beluga whale coronavirus SW1 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2BW31
#2: 化合物 ChemComp-K36 / (1S,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid / GC376


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 485.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N3O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: BIRD: PRD_002495 / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-B1S / (1R,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid


タイプ: peptide-like / 分子量: 485.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N3O8S
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10-20 % (w/v) PEG 3350, 0.20-0.30 M NaCl, and 0.1 M Bis-Tris methane pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→12.24 Å / Num. obs: 81531 / % possible obs: 94.95 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05568 / Rpim(I) all: 0.03864 / Rrim(I) all: 0.06827 / Net I/σ(I): 11.31
反射 シェル解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.4862 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 7698 / CC1/2: 0.735 / CC star: 0.921 / Rpim(I) all: 0.3696 / Rrim(I) all: 0.6148 / % possible all: 90.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
CrysalisProデータ収集
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Not submitted

解像度: 1.65→12.24 Å / SU ML: 0.1589 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.3908
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 1999 2.45 %
Rwork0.1593 79529 -
obs0.1602 81528 95.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→12.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4566 0 94 794 5454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01744850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51246584
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1025706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108840
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0661640
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.690.27551360.24315310X-RAY DIFFRACTION89.99
1.69-1.740.25111400.21695417X-RAY DIFFRACTION91.23
1.74-1.790.25281310.21515482X-RAY DIFFRACTION92.02
1.79-1.850.22221420.19985568X-RAY DIFFRACTION93.22
1.85-1.910.22121410.18795600X-RAY DIFFRACTION94.16
1.91-1.990.21091310.17545643X-RAY DIFFRACTION95.23
1.99-2.080.23191570.1585710X-RAY DIFFRACTION95.88
2.08-2.190.2031440.15765749X-RAY DIFFRACTION96.7
2.19-2.320.19121320.15325804X-RAY DIFFRACTION96.99
2.32-2.50.19881530.16235820X-RAY DIFFRACTION97.49
2.5-2.750.20191490.1585880X-RAY DIFFRACTION98.16
2.75-3.140.18741550.15545881X-RAY DIFFRACTION98.6
3.14-3.940.1611410.13275898X-RAY DIFFRACTION98.21
3.94-12.240.16051470.13655767X-RAY DIFFRACTION94.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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