[日本語] English
万見
- PDB-8e7f: Crystal structure of the autotransporter Ssp from Serratia marcescens. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e7f
タイトルCrystal structure of the autotransporter Ssp from Serratia marcescens.
要素Extracellular serine protease
キーワードHYDROLASE / autotransporter / subtilase / Serratia. / Toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Autotransporter serine protease peptidase domain / Autotransporter-associated beta strand repeat / Passenger-associated-transport-repeat / : / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily ...Autotransporter serine protease peptidase domain / Autotransporter-associated beta strand repeat / Passenger-associated-transport-repeat / : / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Extracellular serine protease
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hor, L. / Pilapitiya, A. / Panjikar, S. / Paxman, J.J. / Heras, B.
資金援助 オーストラリア, 4件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP150102287 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP180102987 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP210100673 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1143638 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of a subtilisin-like autotransporter passenger domain reveals insights into its cytotoxic function.
著者: Hor, L. / Pilapitiya, A. / McKenna, J.A. / Panjikar, S. / Anderson, M.A. / Desvaux, M. / Paxman, J.J. / Heras, B.
履歴
登録2022年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Extracellular serine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,34314
ポリマ－66,0791
非ポリマー1,26413
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.482, 55.356, 61.883
Angle α, β, γ (deg.)91.520, 93.040, 102.760
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Extracellular serine protease


分子量: 66078.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P09489, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

-
非ポリマー , 5種, 320分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M potassium iodide, 20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537, 0.9642
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射モノクロメーター: silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
20.96421
反射解像度: 2→46.2 Å / Num. obs: 39914 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5596 / CC1/2: 0.774 / Rpim(I) all: 0.405 / Rrim(I) all: 0.724 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Coot0.9.5モデル構築
XDS2022データスケーリング
Auto-Rickshaw2022位相決定
BUCCANEER位相決定
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→39.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 6.202 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2015 2033 5.1 %RANDOM
Rwork0.1633 ---
obs0.1653 37873 97.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.15 Å2 / Biso mean: 39.742 Å2 / Biso min: 25.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.99 Å22.09 Å2-1.99 Å2
2---1.96 Å20.1 Å2
3----3.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→39.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4604 0 34 307 4945
Biso mean--59.95 45.03 -
残基数----614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0134763
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.6366460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3331.58110054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0995621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92422.112251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.99615730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8111534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021152
LS精密化 シェル解像度: 2.005→2.057 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 136 -
Rwork0.297 2610 -
all-2746 -
obs--89.65 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る