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万見
- PDB-8e76: Cryo-EM structure of Apo form ME3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8.0E+76
タイトルCryo-EM structure of Apo form ME3
要素NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / ME1 / ME2 / ME3 / NAD(P)-dependent malic enzymes / Integrated structural techniques / crystal structures / cryo-EM structures / drug discovery / allosteric mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / oxygen metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / malic enzyme activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / Pyruvate metabolism / pyruvate metabolic process / NADP+ binding / aerobic respiration ...malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / oxygen metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / malic enzyme activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / Pyruvate metabolism / pyruvate metabolic process / NADP+ binding / aerobic respiration / NAD binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Yu, X. / Grell, T.A.J. / Shaffer, P.L. / Steele, R. / Sharma, S. / Thompson, A.A. / Tresadern, G. / Ortiz-Meoz, R.F. / Mason, M. / Gomez-Tamayo, J.C. ...Yu, X. / Grell, T.A.J. / Shaffer, P.L. / Steele, R. / Sharma, S. / Thompson, A.A. / Tresadern, G. / Ortiz-Meoz, R.F. / Mason, M. / Gomez-Tamayo, J.C. / Riley, D. / Wagner, M.V. / Wadia, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Heliyon / 年: 2022
タイトル: Integrative structural and functional analysis of human malic enzyme 3: A potential therapeutic target for pancreatic cancer.
著者: Tsehai A J Grell / Mark Mason / Aaron A Thompson / Jose Carlos Gómez-Tamayo / Daniel Riley / Michelle V Wagner / Ruth Steele / Rodrigo F Ortiz-Meoz / Jay Wadia / Paul L Shaffer / Gary ...著者: Tsehai A J Grell / Mark Mason / Aaron A Thompson / Jose Carlos Gómez-Tamayo / Daniel Riley / Michelle V Wagner / Ruth Steele / Rodrigo F Ortiz-Meoz / Jay Wadia / Paul L Shaffer / Gary Tresadern / Sujata Sharma / Xiaodi Yu /
要旨: Malic enzymes (ME1, ME2, and ME3) are involved in cellular energy regulation, redox homeostasis, and biosynthetic processes, through the production of pyruvate and reducing agent NAD(P)H. Recent ...Malic enzymes (ME1, ME2, and ME3) are involved in cellular energy regulation, redox homeostasis, and biosynthetic processes, through the production of pyruvate and reducing agent NAD(P)H. Recent studies have implicated the third and least well-characterized isoform, mitochondrial NADP-dependent malic enzyme 3 (ME3), as a therapeutic target for pancreatic cancers. Here, we utilized an integrated structure approach to determine the structures of ME3 in various ligand-binding states at near-atomic resolutions. ME3 is captured in the open form existing as a stable tetramer and its dynamic Domain C is critical for activity. Catalytic assay results reveal that ME3 is a non-allosteric enzyme and does not require modulators for activity while structural analysis suggests that the inner stability of ME3 Domain A relative to ME2 disables allostery in ME3. With structural information available for all three malic enzymes, the foundation has been laid to understand the structural and biochemical differences of these enzymes and could aid in the development of specific malic enzyme small molecule drugs.
履歴
登録2022年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
C: NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
D: NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,6054
ポリマ－268,6054
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial / NADP-ME / Malic enzyme 3


分子量: 67151.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ME3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q16798, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of Apo ME3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 473519 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00716276
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69422048
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.1259744
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0472464
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042844

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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