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万見
- PDB-8e5w: Crystal structure of dehydroalanine Hip1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e5w
タイトルCrystal structure of dehydroalanine Hip1
要素Protease
キーワードHYDROLASE / serine protease Hip1
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PALMITIC ACID / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Goldfarb, N.E. / Brooks, C.L. / Ostrov, D.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: 2.1 angstrom crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis serine hydrolase, Hip1, in its anhydro-form (Anhydrohip1).
著者: Brooks, C.L. / Ostrov, D.A. / Schumann, N.C. / Kakkad, S. / Li, D. / Pena, K. / Williams, B.P. / Goldfarb, N.E.
履歴
登録2022年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7825
ポリマ－52,2171
非ポリマー5654
水9,764542
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.891, 104.891, 127.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Protease


分子量: 52217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: tap, ERS007688_01841 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A654TLU9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ...参照: UniProt: A0A654TLU9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate PEG 8000 sodium cacodylate trihydrate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9436 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9436 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 44570 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 22.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 1.523 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 270167
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.195.40.56421811.439198.9
2.19-2.236.10.51521941.467199.1
2.23-2.276.10.46522021.469199.1
2.27-2.326.10.42921761.504199
2.32-2.376.10.38921981.495199.1
2.37-2.426.10.35721771.509199.3
2.42-2.486.10.31222171.518199.5
2.48-2.556.10.28122161.533199.5
2.55-2.626.10.26222061.543199.2
2.62-2.716.10.21822071.608199.5
2.71-2.816.10.18521951.553199.4
2.81-2.926.10.16122391.629199.5
2.92-3.056.10.13422141.615199.6
3.05-3.216.10.10722281.579199.7
3.21-3.416.10.08522451.569199.8
3.41-3.676.10.06822391.533199.8
3.67-4.046.10.05722721.56199.9
4.04-4.636.10.0522591.517199.9
4.63-5.8260.0523021.4191100
5.82-105.70.04324031.386199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UNO

5uno


解像度: 2.15→29.46 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1896 2248 5.05 %
Rwork0.16 42297 -
obs0.1615 44545 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.73 Å2 / Biso mean: 30.0853 Å2 / Biso min: 12.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→29.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3530 0 88 542 4160
Biso mean--45.44 35.02 -
残基数----470
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.20.23191520.18822574272699
2.2-2.250.20341390.17922596273599
2.25-2.30.21051470.17092587273499
2.3-2.370.19521330.16152624275799
2.37-2.430.20291500.16342603275399
2.44-2.510.20251410.16062583272499
2.51-2.60.19591280.157626272755100
2.6-2.710.19921290.1572661279099
2.71-2.830.17931350.160426342769100
2.83-2.980.1941580.163226022760100
2.98-3.170.19411320.15626612793100
3.17-3.410.19291450.159426522797100
3.41-3.750.1831430.142226622805100
3.75-4.290.15111210.136826992820100
4.3-5.40.17341530.147627042857100
5.41-29.460.20421420.200428282970100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.75820.11420.32321.99270.47473.2403-0.07730.14640.3225-0.23280.07620.24680.0097-0.25750.00720.1995-0.0643-0.0570.17730.06440.276920.4117-27.7591-10.6093
21.30740.82620.34780.81430.0380.43320.0042-0.11180.11670.0381-0.02020.16010.0253-0.12710.01780.1862-0.012-0.00380.1847-0.01590.188331.7953-29.50532.9819
36.64032.5546-5.76630.9273-2.31444.9343-0.0099-0.1267-0.11370.0201-0.04870.00940.25980.10230.09560.25050.0026-0.00130.15260.02220.188551.0228-40.715-4.4345
41.2663-0.1124-0.2852.93671.872.1376-0.04110.05240.0765-0.0180.0614-0.2067-0.03810.2881-0.00290.1631-0.02080.01420.15750.04690.145361.8098-25.8421-5.0385
51.61160.063-0.86680.63010.111.8025-0.0010.04980.0963-0.1134-0.06180.0555-0.023-0.02820.06140.1724-0.0143-0.03140.12820.00190.14746.6421-25.9881-5.8092
61.0958-0.2795-0.85243.66640.71085.7259-0.088-0.1113-0.21190.1952-0.0202-0.08520.55370.06220.13470.1961-0.0172-0.01160.12910.03930.158754.0258-35.873110.4532
71.29720.20180.18670.9842-0.06780.93910.01860.0391-0.1732-0.12520.02790.01530.2314-0.0971-0.03790.2269-0.0523-0.00440.15040.00160.185832.4777-44.9674-6.644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 149 )A44 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 150 through 259 )A150 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 260 through 284 )A260 - 284
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 285 through 329 )A285 - 329
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 330 through 401 )A330 - 401
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 402 through 431 )A402 - 431
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 432 through 520 )A432 - 520

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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