[日本語] English
万見
- PDB-8e5t: Yeast co-transcriptional Noc1-Noc2 RNP assembly checkpoint interm... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e5t
タイトルYeast co-transcriptional Noc1-Noc2 RNP assembly checkpoint intermediate
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 13
  • (Ribosome biogenesis protein ...) x 5
  • 25S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • ATP-dependent RNA helicase HAS1
  • ITS2 ribosomal RNA
  • NOC2 isoform 1
  • Pescadillo homolog
  • Proteasome-interacting protein CIC1
  • Protein MAK16
  • Ribosomal RNA-processing protein 1
  • rRNA-processing protein EBP2
キーワードRIBOSOME / Co-transcriptional pre-60S / ribosome biogenesis / early check-point intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


Noc1p-Noc2p complex / snoRNA release from pre-rRNA / Noc2p-Noc3p complex / nuclear division / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...Noc1p-Noc2p complex / snoRNA release from pre-rRNA / Noc2p-Noc3p complex / nuclear division / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / maturation of 5.8S rRNA / proteasome binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / 90S preribosome / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA / nuclear periphery / proteasome complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / macroautophagy / protein catabolic process / rRNA processing / transcription corepressor activity / nuclear envelope / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / cytosolic large ribosomal subunit / histone binding / cytoplasmic translation / RNA helicase activity / negative regulation of translation / rRNA binding / RNA helicase / ribosome / structural constituent of ribosome / mRNA binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CEBPZ/Mak21-like / Enolase-like; domain 1 - #110 / Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / Ribosomal RNA processing protein 1-like / Nucleolar protein,Nop52 / Mak16 protein / Mak16 protein C-terminal region / Ribosome biogenesis protein 15, RNA recognition motif / Ribosomal protein L15e ...CEBPZ/Mak21-like / Enolase-like; domain 1 - #110 / Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / Ribosomal RNA processing protein 1-like / Nucleolar protein,Nop52 / Mak16 protein / Mak16 protein C-terminal region / Ribosome biogenesis protein 15, RNA recognition motif / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15 / Eukaryotic rRNA processing / Eukaryotic rRNA processing protein EBP2 / Ribosome biogenesis protein BRX1 / DDX18/Has1, DEAD-box helicase domain / CCAAT-binding factor / CBF/Mak21 family / Domain of unknown function DUF4217 / ATP-dependent rRNA helicase SPB4-like, C-terminal extension / DUF4217 / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / Pescadillo / Pescadillo N-terminus / BRCT domain / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / breast cancer carboxy-terminal domain / Enolase-like; domain 1 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / : / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / BRCT domain profile. / BRCT domain / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / BRCT domain superfamily / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L32e superfamily / Ribosomal protein L32 / Ribosomal_L32e / Ribosomal protein L7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7/L30 / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / NOC2 isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein eL33A ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / NOC2 isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Protein MAK16 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL13A / Ribosomal RNA-processing protein 1 / rRNA-processing protein EBP2 / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / Proteasome-interacting protein CIC1 / Ribosome biogenesis protein RLP7 / Pescadillo homolog / Ribosome biogenesis protein 15 / Large ribosomal subunit protein eL6A / ATP-dependent RNA helicase HAS1 / Ribosome biogenesis protein ERB1 / Ribosome biogenesis protein BRX1 / Ribosome biogenesis protein MAK21 / Large ribosomal subunit protein eL13A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Sanghai, Z.A. / Piwowarczyk, R. / Vanden Broeck, A. / Klinge, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
The G. Harold and Leila Y. Mathers FoundationMF-2104-01554 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM143181 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: A co-transcriptional ribosome assembly checkpoint controls nascent large ribosomal subunit maturation.
著者: Zahra A Sanghai / Rafal Piwowarczyk / Arnaud Vanden Broeck / Sebastian Klinge /
要旨: During transcription of eukaryotic ribosomal DNA in the nucleolus, assembly checkpoints exist that guarantee the formation of stable precursors of small and large ribosomal subunits. While the ...During transcription of eukaryotic ribosomal DNA in the nucleolus, assembly checkpoints exist that guarantee the formation of stable precursors of small and large ribosomal subunits. While the formation of an early large subunit assembly checkpoint precedes the separation of small and large subunit maturation, its mechanism of action and function remain unknown. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the yeast co-transcriptional large ribosomal subunit assembly intermediate that serves as a checkpoint. The structure provides the mechanistic basis for how quality-control pathways are established through co-transcriptional ribosome assembly factors, that structurally interrogate, remodel and, together with ribosomal proteins, cooperatively stabilize correctly folded pre-ribosomal RNA. Our findings thus provide a molecular explanation for quality control during eukaryotic ribosome assembly in the nucleolus.
履歴
登録2022年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
5: Ribosome biogenesis protein MAK21
6: NOC2 isoform 1
C: 60S ribosomal protein L4-A
D: Protein MAK16
E: 60S ribosomal protein L6-A
F: 60S ribosomal protein L7-A
G: 60S ribosomal protein L8-A
K: Proteasome-interacting protein CIC1
L: 60S ribosomal protein L13-A
M: 60S ribosomal protein L14-A
N: 60S ribosomal protein L15-A
Q: 60S ribosomal protein L18-A
S: 60S ribosomal protein L20-A
b: Ribosome biogenesis protein BRX1
e: 60S ribosomal protein L32
f: 60S ribosomal protein L33-A
i: 60S ribosomal protein L36-A
m: rRNA-processing protein EBP2
n: Pescadillo homolog
o: Ribosome biogenesis protein 15
p: ATP-dependent RNA helicase HAS1
s: Ribosome biogenesis protein ERB1
t: Ribosome biogenesis protein RLP7
z: Ribosomal RNA-processing protein 1
O: 60S ribosomal protein L16-A
1: 25S ribosomal RNA
2: 5.8S ribosomal RNA
3: ITS2 ribosomal RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,176,77362
ポリマ－2,175,90628
非ポリマー86734
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, immunoprecipitation, 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Ribosome biogenesis protein ... , 5種, 5分子 5bost

#1: タンパク質 Ribosome biogenesis protein MAK21 / Maintenance of killer protein 21 / Nucleolar complex protein 1


分子量: 116832.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q12176
#14: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BRX1


分子量: 33585.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q08235
#20: タンパク質 Ribosome biogenesis protein 15 / Nucleolar protein 15


分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P53927
#22: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ERB1 / Eukaryotic ribosome biogenesis protein 1


分子量: 91830.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q04660
#23: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP7 / Ribosomal protein L7-like


分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P40693

-
タンパク質 , 7種, 7分子 6DKmnpz

#2: タンパク質 NOC2 isoform 1


分子量: 81719.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: A0A8H4BX61
#4: タンパク質 Protein MAK16 / Maintenance of killer protein 16


分子量: 35754.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P10962
#8: タンパク質 Proteasome-interacting protein CIC1 / Core interacting component 1


分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38779
#18: タンパク質 rRNA-processing protein EBP2 / EBNA1-binding protein homolog


分子量: 49842.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P36049
#19: タンパク質 Pescadillo homolog / Nucleolar protein 7 / Ribosomal RNA-processing protein 13


分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P53261
#21: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase HAS1 / Helicase associated with SET1 protein 1


分子量: 56798.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q03532, RNA helicase
#24: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 1


分子量: 33250.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: P35178

-
60S ribosomal protein ... , 13種, 13分子 CEFGLMNQSefiO

#3: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P10664
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-A / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q02326
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05737
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17076
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12690
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36105
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05748
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX49
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX23
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38061
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05744
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05745
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26784

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 123

#26: RNA鎖 25S ribosomal RNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: GenBank: 2211412803
#27: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 51012.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: GenBank: 1780004485
#28: RNA鎖 ITS2 ribosomal RNA


分子量: 74308.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: GenBank: 1102641605

-
非ポリマー , 2種, 34分子

#29: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#30: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Yeast co-transcriptional ribosome assembly intermediate
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#28 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.184 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.18モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 158915 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6C0F

6c0f


Accession code: 6C0F / Source name: PDB / タイプ: experimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る