ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.20.1_4487精密化 | Aimless | 0.7.8データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Alphafold 解像度: 1.7→47.65 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.97 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1951 | 2235 | 4.96 % |
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Rwork | 0.1608 | 42783 | - |
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obs | 0.1624 | 45018 | 99.96 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 116.54 Å2 / Biso mean: 33.7927 Å2 / Biso min: 16.72 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→47.65 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2742 | 0 | 47 | 195 | 2984 |
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Biso mean | - | - | 30.9 | 41.15 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 357 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 % 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all |
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1.7-1.74 | 0.323 | 139 | 0.2945 | 2624 | 2763 | 1.74-1.78 | 0.2909 | 132 | 0.2541 | 2623 | 2755 | 1.78-1.82 | 0.2852 | 150 | 0.2262 | 2615 | 2765 | 1.82-1.87 | 0.2298 | 137 | 0.1936 | 2654 | 2791 | 1.87-1.92 | 0.2096 | 129 | 0.182 | 2620 | 2749 | 1.92-1.99 | 0.2205 | 151 | 0.1818 | 2651 | 2802 | 1.99-2.06 | 0.2219 | 130 | 0.1745 | 2643 | 2773 | 2.06-2.14 | 0.1821 | 148 | 0.1509 | 2628 | 2776 | 2.14-2.24 | 0.1827 | 161 | 0.1472 | 2636 | 2797 | 2.24-2.36 | 0.1795 | 128 | 0.1497 | 2673 | 2801 | 2.36-2.5 | 0.1973 | 121 | 0.1574 | 2700 | 2821 | 2.5-2.7 | 0.2216 | 128 | 0.1743 | 2678 | 2806 | 2.7-2.97 | 0.1907 | 158 | 0.1775 | 2667 | 2825 | 2.97-3.4 | 0.1904 | 112 | 0.1698 | 2748 | 2860 | 3.4-4.28 | 0.1785 | 154 | 0.1305 | 2727 | 2881 | 4.28-47.65 | 0.1788 | 157 | 0.1479 | 2896 | 3053 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 2.0447 | 0.6466 | -0.0544 | 4.037 | -0.8416 | 1.6707 | 0.0078 | -0.1269 | -0.1058 | 0.136 | -0.0059 | 0.1989 | -0.0176 | -0.2063 | -0.0138 | 0.1974 | 0.0351 | 0.0097 | 0.2228 | -0.0001 | 0.1826 | 4.747 | -19.68 | 1.951 | 2 | 1.8836 | -0.8857 | 0.4437 | 1.9816 | -0.7835 | 1.4597 | -0.051 | -0.072 | -0.1661 | 0.0764 | 0.0121 | -0.0299 | 0.0845 | 0.0352 | 0.0477 | 0.1863 | -0.0019 | -0.0033 | 0.1608 | 0.0037 | 0.2048 | 16.639 | -31.391 | -0.418 | 3 | 1.4476 | -0.6966 | -0.2775 | 2.5181 | -0.3039 | 1.5654 | 0.0084 | 0.0054 | 0.1107 | 0.0585 | -0.0809 | -0.3644 | -0.1456 | 0.2534 | 0.0529 | 0.2369 | -0.0313 | -0.0236 | 0.2611 | 0.0095 | 0.2732 | 25.43 | -15.91 | -3.732 | 4 | 2.2019 | -0.8699 | -0.1699 | 3.1593 | 0.494 | 0.8826 | -0.0402 | -0.2577 | 0.3586 | 0.3893 | 0.0694 | 0.2035 | -0.5253 | -0.1411 | -0.0248 | 0.4319 | 0.0478 | 0.0128 | 0.2398 | -0.0354 | 0.2409 | 9.854 | -5.087 | 9.353 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | ( CHAIN A AND RESID 14:86 )A14 - 86 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | ( CHAIN A AND RESID 87:230 )A87 - 230 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | ( CHAIN A AND RESID 231:325 )A231 - 325 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | ( CHAIN A AND RESID 326:360 )A326 - 360 | | | | | | | | |
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