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万見
- PDB-8e5f: Cryo-EM of P. calidifontis cytochrome filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e5f
タイトルCryo-EM of P. calidifontis cytochrome filament
要素c-type cytochrome
キーワードELECTRON TRANSPORT / helical symmetry / cytochrome filmanet / conductive nanowires / microbial nanowires
機能・相同性Multiheme cytochrome superfamily / membrane / HEME C / Cytochrome c family protein
機能・相同性情報
生物種Pyrobaculum calidifontis (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wang, F. / Cvirkaite-Krupovic, V. / Krupovic, M. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5K99GM138756-02 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Extracellular cytochrome nanowires appear to be ubiquitous in prokaryotes.
著者: Diana P Baquero / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Shengen Shawn Hu / Jessie Lynda Fields / Xing Liu / Christopher Rensing / Edward H Egelman / Mart Krupovic / Fengbin Wang /
要旨: Electrically conductive appendages from the anaerobic bacterium Geobacter sulfurreducens, recently identified as extracellular cytochrome nanowires (ECNs), have received wide attention due to ...Electrically conductive appendages from the anaerobic bacterium Geobacter sulfurreducens, recently identified as extracellular cytochrome nanowires (ECNs), have received wide attention due to numerous potential applications. However, whether other organisms employ similar ECNs for electron transfer remains unknown. Here, using cryoelectron microscopy, we describe the atomic structures of two ECNs from two major orders of hyperthermophilic archaea present in deep-sea hydrothermal vents and terrestrial hot springs. Homologs of Archaeoglobus veneficus ECN are widespread among mesophilic methane-oxidizing Methanoperedenaceae, alkane-degrading Syntrophoarchaeales archaea, and in the recently described megaplasmids called Borgs. The ECN protein subunits lack similarities in their folds; however, they share a common heme arrangement, suggesting an evolutionarily optimized heme packing for efficient electron transfer. The detection of ECNs in archaea suggests that filaments containing closely stacked hemes may be a common and widespread mechanism for long-range electron transfer in both prokaryotic domains of life.
履歴
登録2022年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年5月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: c-type cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2305
ポリマ－40,7561
非ポリマー2,4744
水00
1
A: c-type cytochrome
ヘテロ分子
x 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,15225
ポリマ－203,7825
非ポリマー12,37020
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
helical symmetry operation4
手法UCSF CHIMERA

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要素

#1: タンパク質 c-type cytochrome


分子量: 40756.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis (古細菌) / 参照: UniProt: A3MW92
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: extracellular cytochrome filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis (古細菌)
緩衝液pH: 6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 54.72 ° / 軸方向距離/サブユニット: 32.38 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101864 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00712375
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9117200
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.0581740
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0511685
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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