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- PDB-8e54: MicroED structure of triclinic lysozyme recorded on K3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8.0E+54
タイトルMicroED structure of triclinic lysozyme recorded on K3
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Clabbers, M.T.B. / Martynowycz, M.W. / Hattne, J. / Nannenga, B.L. / Gonen, T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136508 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Electron-counting MicroED data with the K2 and K3 direct electron detectors.
著者: Max T B Clabbers / Michael W Martynowycz / Johan Hattne / Brent L Nannenga / Tamir Gonen /
要旨: Microcrystal electron diffraction (MicroED) uses electron cryo-microscopy (cryo-EM) to collect diffraction data from small crystals during continuous rotation of the sample. As a result of advances ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) uses electron cryo-microscopy (cryo-EM) to collect diffraction data from small crystals during continuous rotation of the sample. As a result of advances in hardware as well as methods development, the data quality has continuously improved over the past decade, to the point where even macromolecular structures can be determined ab initio. Detectors suitable for electron diffraction should ideally have fast readout to record data in movie mode, and high sensitivity at low exposure rates to accurately report the intensities. Direct electron detectors are commonly used in cryo-EM imaging for their sensitivity and speed, but despite their availability are generally not used in diffraction. Primary concerns with diffraction experiments are the dynamic range and coincidence loss, which will corrupt the measurement if the flux exceeds the count rate of the detector. Here, we describe instrument setup and low-exposure MicroED data collection in electron-counting mode using K2 and K3 direct electron detectors and show that the integrated intensities can be effectively used to solve structures of two macromolecules between 1.2 Å and 2.8 Å resolution. Even though a beam stop was not used with the K3 studies we did not observe damage to the camera. As these cameras are already available in many cryo-EM facilities, this provides opportunities for users who do not have access to dedicated facilities for MicroED.
履歴
登録2022年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3202
ポリマ－16,2581
非ポリマー621
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.380, 30.760, 33.000
Angle α, β, γ (deg.)87.851, 108.849, 112.600
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 16257.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Lysozyme / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.0144 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
緩衝液pH: 4.5
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Protein crystal lamellae
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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データ収集

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 90 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 0.1 sec. / 電子線照射量: 0.001 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / Num. of diffraction images: 5600 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092
EM回折カメラ長: 373 mm
EM回折 シェル解像度: 0.87→0.9 Å / フーリエ空間範囲: 37.64 % / 多重度: 2.1 / 構造因子数: 2783 / 位相残差: 30 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 87.58 % / 再高解像度: 0.87 Å / 測定した強度の数: 569407 / 構造因子数: 64974 / 位相誤差: 30 ° / 位相誤差の除外基準: None / Rmerge: 0.236 / Rsym: 0.073

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk / 日付: 2020-24-08
解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
11AIMLESScrystallography merging
12REFMAC5.8.0267３次元再構成
13REFMAC5.8.0267モデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 87.85 ° / ∠β: 108.85 ° / ∠γ: 112.6 ° / A: 26.38 Å / B: 30.76 Å / C: 33 Å / 空間群名: P-1 / 空間群番号: 2
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 12.94 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Maximum likelihood
精密化解像度: 1.2→31.076 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.756 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 1186 4.838 %
Rwork0.1813 23326 -
all0.184 --
obs-24512 86.839 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 12.937 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.599 Å20.678 Å2-0.569 Å2
2--1.349 Å20.58 Å2
3----2.225 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0210.0131028
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d00.014938
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg2.1421.6341392
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg1.9291.5952136
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg7.3125128
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg32.98520.65661
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg13.02515166
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_4_deg16.5621511
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0920.2130
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0120.021214
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other0.0020.02280
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined0.2420.2386
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_other0.2220.21258
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined0.2120.2587
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbtor_other0.0940.2643
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined0.2850.2147
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_refined0.2470.230
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_other0.2210.284
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.150.225
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it1.8091.107515
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_other1.7291.102514
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it2.0861.669642
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_other2.1091.676643
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it2.2031.406513
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_other2.1451.403510
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it2.5282.004750
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_other2.4491.999747
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_it2.91422.6735206
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_other2.6322.1645090
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_rigid_bond_restr4.78231966
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.2-1.2310.355760.32116820.32320900.7720.79684.11480.319
1.231-1.2650.328750.29316780.29420260.7860.83186.52520.29
1.265-1.3010.346930.28416240.28719870.80.8586.41170.281
1.301-1.3410.29850.26516260.26619360.8070.86488.37810.258
1.341-1.3850.352800.27515660.27918600.7890.84888.49460.269
1.385-1.4340.339680.27314970.27517720.7650.80888.31830.266
1.434-1.4880.298820.24714500.2517350.7950.83488.29970.239
1.488-1.5480.269710.20714270.2116870.8760.90988.79670.195
1.548-1.6170.242710.18413330.18715940.9070.93388.08030.171
1.617-1.6960.229630.1813060.18215440.9170.92888.66580.166
1.696-1.7870.255660.18811980.19214400.9090.92187.77780.175
1.787-1.8950.258640.17611620.18113910.9240.92488.1380.166
1.895-2.0250.206440.14410870.14613070.9430.95386.5340.136
2.025-2.1870.257570.149890.14612120.9310.95686.30360.138
2.187-2.3940.227410.1448830.14810980.950.95484.1530.145
2.394-2.6750.174410.1428090.14410010.9480.95984.91510.143
2.675-3.0850.205420.1437070.1478830.9460.95984.82450.151
3.085-3.7690.156360.1386020.1397550.960.96384.50330.155
3.769-5.2920.213170.1324800.1365870.9510.96184.66780.15
5.292-31.0760.262140.1962190.23210.8580.90872.58570.221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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