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万見
- PDB-8e4t: Crystal structure of the kinase domain of RTKC8 from the choanofl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e4t
タイトルCrystal structure of the kinase domain of RTKC8 from the choanoflagellate Monosiga brevicollis
要素RTKC8 Kinase domain
キーワードTRANSFERASE / Receptor Tyrosine Kinase Staurosporine
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor complex / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HYR domain / HYR domain profile. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...HYR domain / HYR domain profile. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / STAUROSPORINE / TK/RTKC protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Monosiga brevicollis (立襟鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bajaj, T. / Gee, C.L. / Kuriyan, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of the kinase domain of a receptor tyrosine kinase from a choanoflagellate, Monosiga brevicollis.
著者: Bajaj, T. / Kuriyan, J. / Gee, C.L.
履歴
登録2022年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RTKC8 Kinase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8734
ポリマ－31,8451
非ポリマー1,0283
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.059, 55.513, 60.637
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab

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要素

#1: タンパク質 RTKC8 Kinase domain


分子量: 31845.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monosiga brevicollis (立襟鞭毛虫)
遺伝子: 34458 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A9VBW0
#2: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 % / 解説: Flat triangular shaped, size 10x70x100x microns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M SPG (Succinic acid, sodium dihydrogen phosphate and glycine) buffer pH 6.0, 25% (w/v) PEG 1500 Mixed 1:1 Protein: 10-15mg/mL in 50mM Tris pH 8.0, 200mM NaCl, 10% Glycerol, 0.5mM TCEP.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月5日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.555 Å / Num. obs: 20593 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.2 % / Biso Wilson estimate: 32.71 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.231 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.235 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 17 % / Rmerge(I) obs: 3.648 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1414 / CC1/2: 0.455 / Rpim(I) all: 0.883 / Rrim(I) all: 3.758 / Χ2: 0.76 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSVersion Jan 26, 2018データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UEU

4ueu


解像度: 1.95→48.55 Å / SU ML: 0.2722 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.9238
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 1039 5.06 %
Rwork0.2039 19497 -
obs0.2064 20536 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2105 0 75 100 2280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712246
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84693071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7246815
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.050.31961420.29012734X-RAY DIFFRACTION99.62
2.05-2.180.32961610.28152712X-RAY DIFFRACTION99.69
2.18-2.350.25571490.2132760X-RAY DIFFRACTION99.97
2.35-2.590.28351470.22632732X-RAY DIFFRACTION99.76
2.59-2.960.29181520.2212783X-RAY DIFFRACTION99.97
2.96-3.730.25091400.20192828X-RAY DIFFRACTION99.9
3.73-48.550.21711480.17112948X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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