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- PDB-8e4a: Pseudomonas LpxC in complex with LPC-233 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e4a
タイトルPseudomonas LpxC in complex with LPC-233
要素UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / LpxC / lipid A
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UFX / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.034 Å
データ登録者Najeeb, J. / Zhou, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023
タイトル: Preclinical safety and efficacy characterization of an LpxC inhibitor against Gram-negative pathogens.
著者: Zhao, J. / Cochrane, C.S. / Najeeb, J. / Gooden, D. / Sciandra, C. / Fan, P. / Lemaitre, N. / Newns, K. / Nicholas, R.A. / Guan, Z. / Thaden, J.T. / Fowler Jr., V.G. / Spasojevic, I. / ...著者: Zhao, J. / Cochrane, C.S. / Najeeb, J. / Gooden, D. / Sciandra, C. / Fan, P. / Lemaitre, N. / Newns, K. / Nicholas, R.A. / Guan, Z. / Thaden, J.T. / Fowler Jr., V.G. / Spasojevic, I. / Sebbane, F. / Toone, E.J. / Duncan, C. / Gammans, R. / Zhou, P.
履歴
登録2022年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5883
ポリマ－33,1471
非ポリマー4422
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.970, 66.450, 63.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.676, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase


分子量: 33146.617 Da / 分子数: 1 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: lpxC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A072ZC86, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-UFX / 4-(4-cyclopropylbuta-1,3-diyn-1-yl)-N-[(2S,3S)-4,4-difluoro-3-hydroxy-1-(hydroxyamino)-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]benzamide


分子量: 376.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18F2N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15 mM protein, 0.6 mM LPC-233, 12.5 mM HEPES (pH 7.1), 25 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.085 M sodium acetate, 0.0425 M Tris HCl pH 8.5, 12.75% PEG 4000, 7.5% glycerol, 5 mM calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.034→46.04 Å / Num. obs: 17695 / % possible obs: 91.08 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 15.07 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1042 / Net I/σ(I): 10.21
反射 シェル解像度: 2.034→2.107 Å / Num. unique obs: 1801 / CC1/2: 0.808 / CC star: 0.945

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P3E

3p3e


解像度: 2.034→46.04 Å / SU ML: 0.2169 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.0137
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2048 885 5 %
Rwork0.1716 16807 -
obs0.1733 17692 91.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.034→46.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2302 0 28 271 2601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00192420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50313286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7001341
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.034-2.160.2721480.22072823X-RAY DIFFRACTION92.7
2.16-2.330.23891490.19192823X-RAY DIFFRACTION92.41
2.33-2.560.2331490.19012829X-RAY DIFFRACTION91.74
2.56-2.930.22621480.17932812X-RAY DIFFRACTION91.93
2.93-3.70.18151470.15552794X-RAY DIFFRACTION90.72
3.7-46.040.15881440.14462726X-RAY DIFFRACTION87.13
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.0592583112 Å / Origin y: 4.85985865418 Å / Origin z: 76.3989130805 Å
111213212223313233
T0.050673194027 Å20.00433212947781 Å20.00429537345348 Å2-0.0488514153225 Å20.00214661856523 Å2--0.0493107943458 Å2
L0.236379696975 °20.0175293738903 °20.146991978628 °2-0.146745945363 °20.0149554553928 °2--0.0961943862451 °2
S0.0185151309318 Å °0.00408000873059 Å °0.00505963096765 Å °0.00664697168906 Å °-0.00392328440599 Å °0.021852819657 Å °-0.014470334431 Å °0.0028413771179 Å °0.000372850353041 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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