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- PDB-8e3n: Crystal structure of pregnane X receptor ligand binding domain co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e3n
タイトルCrystal structure of pregnane X receptor ligand binding domain complexed with rifamycin S
要素Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / transcription factor / metabolism / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


intermediate filament cytoskeleton / xenobiotic transport / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity ...intermediate filament cytoskeleton / xenobiotic transport / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / cell differentiation / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor ...: / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Rifamycin S / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Huber, A.D. / Poudel, S. / Seetharaman, J. / Miller, D.J. / Lin, W. / Chen, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118041 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structure-guided approach to modulate small molecule binding to a promiscuous ligand-activated protein.
著者: Lin, W. / Huber, A.D. / Poudel, S. / Li, Y. / Seetharaman, J. / Miller, D.J. / Chen, T.
履歴
登録2022年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9042
ポリマ－36,2091
非ポリマー6961
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.893, 91.893, 85.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and ...Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and xenobiotic receptor / SXR


分子量: 36208.742 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 153-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I2, PXR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75469
#2: 化合物 ChemComp-VA0 / Rifamycin S / (2S,12Z,14Z,16S,17S,18R,19R,20R,21S,22R,23S,24E)-5,17,19-trihydroxy-23-methoxy-2,4,12,16,18,20,22-heptamethyl-1,6,9,11-tetraoxo-1,2,6,9-tetrahydro-2,7-(epoxypentadeca[1,11,13]trienoimino)naphtho[2,1-b]furan-21-yl acetate


分子量: 695.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H45NO12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 100 mM imidazole (pH 7.2), 14% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→32.49 Å / Num. obs: 22158 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 42.54 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.148 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Num. unique obs: 1082 / CC1/2: 0.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M13

1m13


解像度: 2.25→32.49 Å / SU ML: 0.235 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 24.7104
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 913 5.07 %
Rwork0.2084 17105 -
obs0.2099 18018 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→32.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2196 0 50 111 2357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80523109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0499341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.221870
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.370.28071310.23472392X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.520.27781180.23862388X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.710.2751200.22642424X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.980.2563990.22082438X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.420.26451530.2242421X-RAY DIFFRACTION100
3.42-4.30.22331260.19162467X-RAY DIFFRACTION99.88
4.3-32.490.20831660.19772575X-RAY DIFFRACTION99.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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