PDB-8e37: Structure of Campylobacter concisus wild-type SeMet PglC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8.0E+37

タイトル

Structure of Campylobacter concisus wild-type SeMet PglC

要素

N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Campylobacter / glycoconjugate / phosphoglycosyltransferase

機能・相同性

undecaprenyl phosphate N,N'-diacetylbacillosamine 1-phosphate transferase / N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase activity / Bacterial sugar transferase / Bacterial sugar transferase / membrane => GO:0016020 / N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

機能・相同性情報

生物種

Campylobacter concisus 13826 (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.01 Å

データ登録者

Vuksanovic, N. / Ray, L.C. / Imperiali, B. / Allen, K.N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synergistic computational and experimental studies of a phosphoglycosyl transferase membrane/ligand ensemble.
著者: Majumder, A. / Vuksanovic, N. / Ray, L.C. / Bernstein, H.M. / Allen, K.N. / Imperiali, B. / Straub, J.E.

履歴

登録	2022年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8e37.ent.gz	520.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8e37_validation.pdf.gz	498.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8e37_full_validation.pdf.gz	517.9 KB	表示
XML形式データ	8e37_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	8e37_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/8e37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/8e37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w7l PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

A: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

C: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

D: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

E: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

F: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

G: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

H: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

189 kDa, 8 ポリマー
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1

B: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
23.6 kDa, 1 ポリマー
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2

A: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
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5

E: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
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7

G: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
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8

H: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	142.820, 142.820, 192.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: -1 - 183 / Label seq-ID: 3 - 187

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	B
2	chain B	B	A
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D
5	chain E	E	E
6	chain F	F	F
7	chain G	G	G
8	chain H	H	H

#1: タンパク質	N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase 分子量: 23617.846 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter concisus 13826 (カンピロバクター) 株: 13826 / 遺伝子: pglC, CCC13826_0450 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A7ZET4, undecaprenyl phosphate N,N'-diacetylbacillosamine 1-phosphate transferase
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

#1: タンパク質

N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase

分子量: 23617.846 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Campylobacter concisus 13826 (カンピロバクター)
株: 13826 / 遺伝子: pglC, CCC13826_0450 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A7ZET4, undecaprenyl phosphate N,N'-diacetylbacillosamine 1-phosphate transferase

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.5 %
結晶化	温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.3 M MgCl2, 27% PEG 3350,1 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.01→47.7 Å / Num. obs: 38779 / % possible obs: 82.76 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 83.8 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 3.01→3.121 Å / Num. unique obs: 3544 / CC_1/2: 0.553

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5W7L

5w7l
PDB 未公開エントリ

解像度: 3.01→37.99 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2958	3720	5.22 %
R_work	0.2657	67491	-
obs	0.2672	38391	82.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 214.78 Å² / B_iso mean: 111.5296 Å² / B_iso min: 55.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.01→37.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12088	0	0	0	12088
残基数	-	-	-	-	1480

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4320	X-RAY DIFFRACTION	5.474	TORSIONAL
1	2	B	4320	X-RAY DIFFRACTION	5.474	TORSIONAL
1	3	C	4320	X-RAY DIFFRACTION	5.474	TORSIONAL
1	4	D	4320	X-RAY DIFFRACTION	5.474	TORSIONAL
1	5	E	4320	X-RAY DIFFRACTION	5.474	TORSIONAL
1	6	F	4320	X-RAY DIFFRACTION	5.474	TORSIONAL
1	7	G	4320	X-RAY DIFFRACTION	5.474	TORSIONAL
1	8	H	4320	X-RAY DIFFRACTION	5.474	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.01-3.05	0.3712	119	0.3581	2077	2196	67
3.05-3.09	0.3489	124	0.3449	2189	2313	73
3.09-3.13	0.3369	119	0.3522	2242	2361	73
3.13-3.18	0.3676	124	0.3296	2341	2465	77
3.18-3.23	0.443	143	0.3339	2373	2516	79
3.23-3.28	0.3081	138	0.3174	2485	2623	82
3.28-3.33	0.3248	143	0.3311	2478	2621	80
3.33-3.39	0.3557	134	0.3055	2429	2563	81
3.39-3.45	0.3566	141	0.3096	2580	2721	84
3.45-3.52	0.3091	150	0.2973	2606	2756	86
3.52-3.59	0.3263	142	0.311	2577	2719	84
3.59-3.67	0.3419	145	0.299	2595	2740	85
3.67-3.75	0.3465	153	0.285	2664	2817	88
3.75-3.84	0.3058	133	0.2677	2628	2761	87
3.84-3.95	0.3198	152	0.2676	2647	2799	87
3.95-4.06	0.3236	150	0.2482	2666	2816	87
4.06-4.2	0.252	146	0.2567	2619	2765	86
4.2-4.34	0.3241	126	0.2293	2482	2608	81
4.35-4.52	0.2862	143	0.2362	2570	2713	85
4.52-4.72	0.2566	134	0.2473	2618	2752	86
4.72-4.97	0.2674	144	0.2634	2510	2654	84
4.97-5.28	0.278	144	0.2799	2632	2776	86
5.28-5.69	0.3025	145	0.2806	2600	2745	85
5.69-6.26	0.2905	130	0.2867	2494	2624	82
6.26-7.16	0.3607	141	0.274	2519	2660	83
7.16-9	0.2343	140	0.2183	2526	2666	83
9.01-37.99	0.2554	117	0.2321	2344	2461	77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7081	0.5163	1.4298	1.5283	-0.3663	3.4512	-0.0434	0.5231	0.5458	-0.1059	-0.0637	0.2523	-0.4507	-0.0496	0.1689	0.5595	-0.0482	0.0147	0.5413	0.0336	0.7458	-8.077	-18.05	26.337
2	1.6631	0.555	0.5015	3.5953	0.8334	2.0207	0.0498	-0.1412	0.0847	0.2509	-0.2149	0.5292	-0.5138	-0.0898	0.1992	0.7635	-0.1507	0.0144	0.6951	0.1027	0.7551	-52.599	-1.751	37.822
3	1.4814	1.0932	0.1961	2.8284	-1.1867	2.159	0.042	-0.6182	0.4886	0.7915	-0.2084	1.362	-0.6735	-0.4989	0.1689	0.9279	-0.0224	0.3144	0.7847	-0.1945	1.0883	-43.433	10.096	-18.01
4	2.1711	2.5312	0.4528	1.338	-1.2077	2.7731	-0.5213	1.0612	-1.3591	-0.8958	0.5479	-1.1567	0.4637	0.8276	-0.0798	1.0064	-0.1437	0.3824	1.0398	-0.6229	1.4793	-76.702	31.542	14.711
5	4.6593	-0.149	0.3422	3.3762	-0.1952	3.1796	-0.0668	1.1957	0.3963	-0.4194	0.1396	0.6925	-0.067	-0.9418	-0.104	0.6162	-0.1634	-0.0569	1.2248	0.2273	0.7966	-42.038	43.639	23.193
6	1.6912	-0.1894	0.1992	0.3083	1.7735	4.1825	-0.0347	0.477	0.4954	-0.303	-0.0928	0.2954	-0.063	-1.4158	0.1334	0.7476	-0.1625	-0.1989	1.1074	0.2582	0.9298	-78.026	-19.774	24.217
7	2.3846	2.5054	-1.2274	3.805	-0.7497	1.0124	0.3681	-0.2811	-0.9969	0.7728	-0.4121	-0.8265	0.5901	0.233	0.0559	0.8927	-0.1127	-0.255	0.6754	0.1313	0.9977	-25.599	16.581	44.399
8	2.8813	-0.3041	-0.6242	0.8936	-0.1523	1.5755	0.0372	0.3548	-1.0912	-0.3204	-0.0111	-0.3867	0.0878	0.1492	0.0415	0.8061	-0.1139	-0.0907	0.8141	-0.0514	1.1233	-37.453	-33.16	22.576

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN B AND RESID 3:183 )	B	3 - 183
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 3:183 )	A	3 - 183
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 3:183 )	C	3 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 3:183 )	D	3 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND RESID 3:183 )	E	3 - 183
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN F AND RESID 3:183 )	F	3 - 183
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN G AND RESID 3:183 )	G	3 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND RESID 3:183 )	H	3 - 183

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