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- PDB-8e2u: HMPV F monomer bound to RSV-199 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e2u
タイトルHMPV F monomer bound to RSV-199 Fab
要素
  • Fusion glycoprotein F0
  • RSV-199 heavy chain
  • RSV-199 light chain
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / human antibodies / RSV and MPV Fusion protein / complex Cryo-EM structure / viral protein and antiviral protein
生物種Human metapneumovirus A (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Wen, X. / Jardetzky, T.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01AI137523 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / : 2023
タイトル: Potent cross-neutralization of respiratory syncytial virus and human metapneumovirus through a structurally conserved antibody recognition mode.
著者: Xiaolin Wen / Naveenchandra Suryadevara / Nurgun Kose / Jing Liu / Xiaoyan Zhan / Laura S Handal / Lauren E Williamson / Andrew Trivette / Robert H Carnahan / Theodore S Jardetzky / James E Crowe /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) infections pose a significant health burden. Using pre-fusion conformation fusion (F) proteins, we isolated a panel of anti-F ...Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) infections pose a significant health burden. Using pre-fusion conformation fusion (F) proteins, we isolated a panel of anti-F antibodies from a human donor. One antibody (RSV-199) potently cross-neutralized 8 RSV and hMPV strains by recognizing antigenic site III, which is partially conserved in RSV and hMPV F. Next, we determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of RSV-199 bound to RSV F trimers, hMPV F monomers, and an unexpected dimeric form of hMPV F. These structures revealed how RSV-199 engages both RSV and hMPV F proteins through conserved interactions of the antibody heavy-chain variable region and how variability within heavy-chain complementarity-determining region 3 (HCDR3) can be accommodated at the F protein interface in site-III-directed antibodies. Furthermore, RSV-199 offered enhanced protection against RSV A and B strains and hMPV in cotton rats. These findings highlight the mechanisms of broad neutralization and therapeutic potential of RSV-199.
履歴
登録2022年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
L: RSV-199 light chain
H: RSV-199 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8033
ポリマ-94,8033
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, No
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0


分子量: 47960.742 Da / 分子数: 1 / 変異: Q100R, S101R, A113C, A185P, A339C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human metapneumovirus A (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 RSV-199 light chain


分子量: 22819.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293-6E / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 RSV-199 heavy chain


分子量: 24022.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293-6E / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MPV fusion protein complex with RSV-199 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293-6E
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 40000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 3451 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択was uesd to automatica
4cryoSPARCCTF補正was uesd to automatica
12cryoSPARC分類
13Coot3次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 2774162
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 165267 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0046778
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6579212
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.771947
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0481060
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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