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- PDB-8e1w: Neutron crystal structure of Panus similis AA9A at room temperature -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e1w
タイトルNeutron crystal structure of Panus similis AA9A at room temperature
要素Endo-beta-1,4-glucanase D
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta sandwiches / glycosylated
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Auxiliary Activity family 9 / : / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61)
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / AA9 family lytic polysaccharide monooxygenase A
類似検索 - 構成要素
生物種Panus similis (菌類)
手法X線回折 / 中性子回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Meilleur, F. / Tandrup, T. / Lo Leggio, L.
資金援助 デンマーク, 米国, 3件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0027704 デンマーク
Danish Council for Independent Research8021-00273B デンマーク
National Institute of Food and Agriculture (NIFA, United States)Hatch211001 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Joint X-ray/neutron structure of Lentinus similis AA9_A at room temperature.
著者: Tandrup, T. / Lo Leggio, L. / Meilleur, F.
履歴
登録2022年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年1月18日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-beta-1,4-glucanase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5934
ポリマ－25,2731
非ポリマー3203
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.469, 126.469, 126.469
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Space group name HallP4bd2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/4,-z+1/4,y+3/4
#3: x+3/4,z+1/4,-y+1/4
#4: z+3/4,y+1/4,-x+1/4
#5: -z+1/4,y+3/4,x+1/4
#6: -y+1/4,x+3/4,z+1/4
#7: y+1/4,-x+1/4,z+3/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y+1/2,-z,x+1/2
#11: z+1/2,-x+1/2,-y
#12: -y,z+1/2,-x+1/2
#13: -z+1/2,-x,y+1/2
#14: -z,x+1/2,-y+1/2
#15: y+1/2,-z+1/2,-x
#16: x+1/2,-y+1/2,-z
#17: -x,y+1/2,-z+1/2
#18: -x+1/2,-y,z+1/2
#19: y+3/4,x+1/4,-z+1/4
#20: -y+3/4,-x+3/4,-z+3/4
#21: z+1/4,-y+1/4,x+3/4
#22: -z+3/4,-y+3/4,-x+3/4
#23: -x+1/4,z+3/4,y+1/4
#24: -x+3/4,-z+3/4,-y+3/4

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要素

#1: タンパク質 Endo-beta-1,4-glucanase D / Endoglucanase D / Carboxymethylcellulase D / Cellulase D


分子量: 25272.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Panus similis (菌類) / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: A0A0S2GKZ1, cellulase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 1.30 M NaCl, 0.1 M citric acid

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12931N
22931N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.54
SPALLATION SOURCEORNL Spallation Neutron Source MANDI23.0-5.0
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER R 4M1PIXEL2020年8月10日
ORNL ANGER CAMERA2AREA DETECTOR2020年8月8日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
231
351
反射

Entry-ID: 8E1W / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I)
2.1-30.672074999.8710.30.9880.05710.185114.16
2.8-14.8894299.310.20.920.0810.27510.1
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allDiffraction-ID
2.8-2.920190.7460.48021
2.8-2.98690.3480.1021

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Mantidデータ削減
LAUENORMデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化

SU ML: 0.2256 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 18.7181 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 5N04

5n04

/ 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)σ(F)Diffraction-ID
2.1-30.67X-RAY DIFFRACTION33.560.17020.14840.1496103319705207384.9899.921.35
2.8-14.8NEUTRON DIFFRACTION0.25980.2251894299.31
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1788 0 16 117 1921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.03014043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.35666990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0728291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085731
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.72141071
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.210.29511440.24552750X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.350.24471570.19662743X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.530.25521120.20122806X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.790.24481430.17882755X-RAY DIFFRACTION100
2.79-3.190.18551700.16922794X-RAY DIFFRACTION100
3.19-4.020.13281570.1242833X-RAY DIFFRACTION99.97
4.02-30.670.11091500.10363024X-RAY DIFFRACTION99.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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