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- PDB-8e1u: Propionibacterium freudenreichii PPi-dependent PEPCK in complex w... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e1u

タイトル

Propionibacterium freudenreichii PPi-dependent PEPCK in complex with malate

要素

PPi-dependent PEPCK

キーワード

LYASE / Allosteric inhibitor

機能・相同性

D-MALATE / Hypothetical secreted protein

機能・相同性情報

生物種

Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

McLeod, M.J. / Holyoak, T.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Biochemical, structural, and kinetic characterization of PP i -dependent phosphoenolpyruvate carboxykinase from Propionibacterium freudenreichii.
著者: McLeod, M.J. / Holyoak, T.

履歴

登録	2022年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.details

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e1u.cif.gz	4.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e1u.ent.gz	2.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e1u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8e1u_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8e1u_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8e1u_validation.xml.gz	291.4 KB	表示
CIF形式データ	8e1u_validation.cif.gz	404.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/8e1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/8e1u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6k31S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: PPi-dependent PEPCK

B: PPi-dependent PEPCK

C: PPi-dependent PEPCK

D: PPi-dependent PEPCK

E: PPi-dependent PEPCK

F: PPi-dependent PEPCK

G: PPi-dependent PEPCK

H: PPi-dependent PEPCK

ヘテロ分子

1.02 MDa, 8 ポリマー
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A: PPi-dependent PEPCK

ヘテロ分子

F: PPi-dependent PEPCK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
255 kDa, 2 ポリマー
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B: PPi-dependent PEPCK

H: PPi-dependent PEPCK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
255 kDa, 2 ポリマー
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C: PPi-dependent PEPCK

ヘテロ分子

D: PPi-dependent PEPCK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
255 kDa, 2 ポリマー
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G: PPi-dependent PEPCK

ヘテロ分子

E: PPi-dependent PEPCK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
255 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.131, 146.952, 151.094
Angle α, β, γ (deg.)	82.700, 84.000, 70.800
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質	PPi-dependent PEPCK 分子量: 127271.562 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア) 遺伝子: PFREUDJS001_000139 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A160VN62
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.34 % / 解説: Plates
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM magnesium chloride, 10% ethylene glycol, 7.5% isopropanol, 10-20% PEG2000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→74.8 Å / Num. obs: 304269 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 45.18 Å² / CC_1/2: 0.93 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.65→2.75 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 29413 / CC_1/2: 0.72 / R_pim(I) all: 0.453 / R_rim(I) all: 0.884 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	8.0.006	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6K31

6k31

解像度: 2.65→74.77 Å / SU ML: 0.3372 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.6035
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	2000	0.66 %
R_work	0.1806	301887	-
obs	0.1809	303887	96.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→74.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	71188	0	62	1220	72470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	72999
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4909	99209
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	10717
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	13178
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.4277	27179

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.72	0.3339	136	0.274	20453	X-RAY DIFFRACTION	91.94
2.72-2.79	0.2979	140	0.2532	21269	X-RAY DIFFRACTION	95.68
2.79-2.87	0.2976	142	0.2399	21349	X-RAY DIFFRACTION	95.91
2.87-2.96	0.3067	141	0.2389	21390	X-RAY DIFFRACTION	96.15
2.96-3.07	0.3204	143	0.2367	21426	X-RAY DIFFRACTION	96.4
3.07-3.19	0.2759	143	0.224	21564	X-RAY DIFFRACTION	96.75
3.19-3.34	0.2665	142	0.2106	21574	X-RAY DIFFRACTION	96.97
3.34-3.51	0.237	143	0.1968	21596	X-RAY DIFFRACTION	97.27
3.51-3.73	0.2429	144	0.1871	21710	X-RAY DIFFRACTION	97.58
3.73-4.02	0.2116	144	0.1616	21724	X-RAY DIFFRACTION	97.91
4.02-4.43	0.208	145	0.1499	21869	X-RAY DIFFRACTION	98.16
4.43-5.07	0.1786	145	0.138	21908	X-RAY DIFFRACTION	98.51
5.07-6.38	0.1707	146	0.1681	22036	X-RAY DIFFRACTION	98.96
6.38-74.77	0.1572	146	0.1404	22019	X-RAY DIFFRACTION	99.12

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.84753279029	0.0131939252625	-0.0490669253798	1.58378422711	0.809204487952	0.847394489171	-0.0509692602472	-0.163302473564	0.207869145502	0.184558902106	-0.0803381741908	0.407911439843	-0.0538979003879	-0.0895923009834	0.127745240177	0.429019375123	0.0588570800111	0.0507656064336	0.325824291499	-0.0767497177038	0.426683413128	-2.10557637796	19.9408852903	23.3194009152
2	1.02277919113	-0.29236806731	0.137953296563	1.32943524694	0.59476279683	1.12969488466	-0.182257405637	-0.227580547502	0.0448772027111	0.223764985453	-0.0208921015133	0.565442257351	-0.0202236357999	-0.203358076235	0.169771188023	0.350744918518	0.0289113217761	0.0666155626859	0.296512734921	-0.0170452595898	0.515847902038	-11.1066462423	8.61277223427	13.7292069732
3	3.53789650683	-1.76769829869	0.433350538554	4.42704893674	-1.74388271823	2.02781680794	0.00798393033085	0.545842843925	0.36888255379	-0.158498834493	0.0903649469307	0.00454084560449	-0.164556144295	-0.00313030549489	-0.090005042252	0.462827074769	-0.132243495615	-0.0851728958646	0.507919637968	0.0991246844297	0.295867491809	25.5032578718	10.8399159727	-19.7396907741
4	3.54178767416	-1.34870083331	-2.51566993238	1.19054381396	1.01338399168	2.95032276288	-0.152197231663	0.218037302728	-0.219256339431	-0.0440373217816	-0.00862260075034	0.0475200550714	0.354340110429	0.188136313577	0.160711920348	0.405554386458	-0.0275064260468	-0.0400132077368	0.412738864932	0.00543646734326	0.299707273654	20.5457623385	-15.0281225921	-23.17985808
5	0.740218234633	-0.138543925472	0.291902238591	0.633958238315	0.219037391936	0.967177523461	-0.12642385869	0.0550872694251	0.0208345580259	0.0352986669375	-0.00171739650143	0.0426593603913	0.0797627826622	0.119646797191	0.131094747826	0.385434434966	-0.00357086614606	0.0340257987243	0.29801955255	0.0408804168416	0.344772467679	15.2089016363	-4.20729255573	1.67985673767
6	4.12694974938	-1.95866931793	-0.815538227789	1.86854839643	0.933088723265	0.855868083128	-0.226623512332	-0.0942024161779	-0.386724767616	0.113593048027	0.0154219552676	0.56871796635	0.164787681349	-0.0203862086805	0.199209072149	0.344607829916	-0.0517326756577	0.0340985370177	0.239167992194	-0.0241171430139	0.459818287565	-6.98352382384	-9.85983804708	-5.2491450881
7	1.2589463493	-0.344356659156	-0.184433019462	1.36922329664	0.377877718832	1.23576194539	-0.0624891474759	0.231168889467	-0.173911868698	-0.139980798135	-0.185632846681	0.658482816968	-0.12358254248	-0.275061786521	0.231651374245	0.39279350556	-0.0204414929455	-0.0933062994738	0.389058365581	-0.0413248084126	0.518851903694	-13.5993905892	-1.59293110687	-10.6589317537
8	1.38464264132	0.0307778355189	0.0258793244416	0.756636891833	0.0621339738578	0.261086952922	-0.00294519032887	0.208251767565	-0.0129342662642	0.00671624015182	0.00514956323167	-0.19451740325	0.00908413869272	0.043296910653	0.00975896231935	0.333460875835	-0.0783473030773	0.0497930623961	0.397475914376	0.0318044955427	0.301973887105	140.272991854	51.9651717756	-38.2723956044
9	0.794992573674	1.46981189738	-0.891979930103	3.30996329021	-2.5297109314	2.23159063252	0.546435902739	0.75874081982	1.63699600966	-0.323312750508	-0.430138071166	-0.857042598744	-1.00757130686	0.0321427445993	-0.176663930525	1.29943980862	0.126078035125	0.297346014509	0.87536373823	0.547789121907	1.75239361747	113.721811849	98.6572278831	-35.621607112
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50	1.5217076906	0.0100018031871	-0.141771378027	0.889296448433	-0.00865095718896	1.10710292722	-0.0975116166514	-0.128519778286	-0.0648144024298	0.0384624043783	-0.0291982275353	0.245152059131	0.0856196198596	-0.0815794065426	0.115680968761	0.338300511768	0.0107137465659	0.089970606074	0.329209662681	-0.0430741265669	0.322113860615	56.1458833102	61.9831057011	-21.1168465141

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 132 )	A	A	1 - 132	1 - 127
2	2	chain 'A' and (resid 133 through 362 )	A	A	133 - 362	128 - 357
3	3	chain 'A' and (resid 363 through 458 )	A	A	363 - 458	358 - 453
4	4	chain 'A' and (resid 459 through 574 )	A	A	459 - 574	454 - 569
5	5	chain 'A' and (resid 575 through 819 )	A	A	575 - 819	570 - 814
6	6	chain 'A' and (resid 820 through 914 )	A	A	820 - 914	815 - 909
7	7	chain 'A' and (resid 915 through 1131 )	A	A	915 - 1131	910 - 1126
8	8	chain 'B' and (resid 2 through 483 )	B	D	2 - 483	1 - 477
9	9	chain 'B' and (resid 484 through 561 )	B	D	484 - 561	478 - 555
10	10	chain 'B' and (resid 562 through 1131 )	B	D	562 - 1131	556 - 1125
11	11	chain 'C' and (resid 1 through 132 )	C	G	1 - 132	1 - 126
12	12	chain 'C' and (resid 133 through 483 )	C	G	133 - 483	127 - 477
13	13	chain 'C' and (resid 484 through 574 )	C	G	484 - 574	478 - 568
14	14	chain 'C' and (resid 575 through 754 )	C	G	575 - 754	569 - 748
15	15	chain 'C' and (resid 755 through 825 )	C	G	755 - 825	749 - 819
16	16	chain 'C' and (resid 826 through 894 )	C	G	826 - 894	820 - 888
17	17	chain 'C' and (resid 895 through 1131 )	C	G	895 - 1131	889 - 1125
18	18	chain 'D' and (resid 1 through 132 )	D	J	1 - 132	1 - 125
19	19	chain 'D' and (resid 133 through 467 )	D	J	133 - 467	126 - 460
20	20	chain 'D' and (resid 468 through 521 )	D	J	468 - 521	461 - 514
21	21	chain 'D' and (resid 522 through 574 )	D	J	522 - 574	515 - 567
22	22	chain 'D' and (resid 575 through 754 )	D	J	575 - 754	568 - 747
23	23	chain 'D' and (resid 755 through 825 )	D	J	755 - 825	748 - 818
24	24	chain 'D' and (resid 826 through 914 )	D	J	826 - 914	819 - 907
25	25	chain 'D' and (resid 915 through 1131 )	D	J	915 - 1131	908 - 1124
26	26	chain 'E' and (resid 2 through 90 )	E	L	2 - 90	1 - 79
27	27	chain 'E' and (resid 91 through 483 )	E	L	91 - 483	80 - 472
28	28	chain 'E' and (resid 484 through 561 )	E	L	484 - 561	473 - 550
29	29	chain 'E' and (resid 562 through 754 )	E	L	562 - 754	551 - 743
30	30	chain 'E' and (resid 755 through 825 )	E	L	755 - 825	744 - 814
31	31	chain 'E' and (resid 826 through 880 )	E	L	826 - 880	815 - 869
32	32	chain 'E' and (resid 881 through 1131 )	E	L	881 - 1131	870 - 1120
33	33	chain 'F' and (resid 1 through 89 )	F	N	1 - 89	1 - 82
34	34	chain 'F' and (resid 90 through 262 )	F	N	90 - 262	83 - 255
35	35	chain 'F' and (resid 263 through 439 )	F	N	263 - 439	256 - 432
36	36	chain 'F' and (resid 440 through 521 )	F	N	440 - 521	433 - 514
37	37	chain 'F' and (resid 522 through 649 )	F	N	522 - 649	515 - 642
38	38	chain 'F' and (resid 650 through 774 )	F	N	650 - 774	643 - 767
39	39	chain 'F' and (resid 775 through 1131 )	F	N	775 - 1131	768 - 1117
40	40	chain 'G' and (resid 1 through 189 )	G	Q	1 - 189	1 - 182
41	41	chain 'G' and (resid 190 through 521 )	G	Q	190 - 521	183 - 514
42	42	chain 'G' and (resid 522 through 754 )	G	Q	522 - 754	515 - 747
43	43	chain 'G' and (resid 755 through 1131 )	G	Q	755 - 1131	748 - 1115
44	44	chain 'H' and (resid 1 through 132 )	H	T	1 - 132	1 - 126
45	45	chain 'H' and (resid 133 through 467 )	H	T	133 - 467	127 - 461
46	46	chain 'H' and (resid 468 through 574 )	H	T	468 - 574	462 - 568
47	47	chain 'H' and (resid 575 through 754 )	H	T	575 - 754	569 - 748
48	48	chain 'H' and (resid 755 through 825 )	H	T	755 - 825	749 - 819
49	49	chain 'H' and (resid 826 through 913 )	H	T	826 - 913	820 - 907
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