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- PDB-8e1p: Crystal structure of BG505 SOSIP.v4.1-GT1.2 trimer in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e1p
タイトルCrystal structure of BG505 SOSIP.v4.1-GT1.2 trimer in complex with gl-PGV20 and PGT124 Fabs
要素
  • (germline PGV20 light ...) x 2
  • BG505-SOSIP.v4.1-GT1.2gp120
  • Envelope glycoprotein gp41
  • PGT124 Fab Heavy Chain
  • PGT124 Fab Light Chain
  • germline PGV20 heavy chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV envelope glycoprotein / antibody / CD4 antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.82 Å
データ登録者Sarkar, A. / Kumar, S. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2023
タイトル: Germline-targeting HIV-1 Env vaccination induces VRC01-class antibodies with rare insertions.
著者: Caniels, T.G. / Medina-Ramirez, M. / Zhang, J. / Sarkar, A. / Kumar, S. / LaBranche, A. / Derking, R. / Allen, J.D. / Snitselaar, J.L. / Capella-Pujol, J. / Sanchez, I.D.M. / Yasmeen, A. / ...著者: Caniels, T.G. / Medina-Ramirez, M. / Zhang, J. / Sarkar, A. / Kumar, S. / LaBranche, A. / Derking, R. / Allen, J.D. / Snitselaar, J.L. / Capella-Pujol, J. / Sanchez, I.D.M. / Yasmeen, A. / Diaz, M. / Aldon, Y. / Bijl, T.P.L. / Venkatayogi, S. / Martin Beem, J.S. / Newman, A. / Jiang, C. / Lee, W.H. / Pater, M. / Burger, J.A. / van Breemen, M.J. / de Taeye, S.W. / Rantalainen, K. / LaBranche, C. / Saunders, K.O. / Montefiori, D. / Ozorowski, G. / Ward, A.B. / Crispin, M. / Moore, J.P. / Klasse, P.J. / Haynes, B.F. / Wilson, I.A. / Wiehe, K. / Verkoczy, L. / Sanders, R.W.
履歴
登録2022年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: germline PGV20 heavy chain
H: germline PGV20 heavy chain
I: germline PGV20 light chain
L: germline PGV20 light chain
N: germline PGV20 heavy chain
O: germline PGV20 light chain
A: PGT124 Fab Light Chain
C: PGT124 Fab Light Chain
E: BG505-SOSIP.v4.1-GT1.2gp120
G: BG505-SOSIP.v4.1-GT1.2gp120
J: PGT124 Fab Light Chain
M: BG505-SOSIP.v4.1-GT1.2gp120
B: PGT124 Fab Heavy Chain
D: PGT124 Fab Heavy Chain
K: PGT124 Fab Heavy Chain
Y: Envelope glycoprotein gp41
X: Envelope glycoprotein gp41
Z: Envelope glycoprotein gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)514,27665
ポリマ－497,06218
非ポリマー17,21547
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area75020 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area200580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)146.057, 157.666, 158.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.973, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 EGMYXZ

#5: タンパク質 BG505-SOSIP.v4.1-GT1.2gp120


分子量: 53394.711 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: タンパク質 Envelope glycoprotein gp41 / Env polyprotein


分子量: 17146.482 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 509-661 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

-
抗体 , 5種, 12分子 FHNILOACJBDK

#1: 抗体 germline PGV20 heavy chain


分子量: 24399.408 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 germline PGV20 light chain


分子量: 22229.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 germline PGV20 light chain


分子量: 22229.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 PGT124 Fab Light Chain


分子量: 23056.605 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 PGT124 Fab Heavy Chain


分子量: 25460.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 7種, 47分子

#8: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1600.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-1-2-2-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#13: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1/a2-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#14: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.63 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 12% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→49.76 Å / Num. obs: 63948 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 104.91 Å2 / CC1/2: 0.78 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 3.82→3.88 Å / Num. unique obs: 5699 / CC1/2: 0.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5W6D

5w6d


解像度: 3.82→49.76 Å / SU ML: 0.6141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 31.5444
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3011 3180 4.97 %
Rwork0.2707 60748 -
obs0.2723 63928 94.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 122.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.82→49.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33286 0 1124 0 34410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002635188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.530947888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04355646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00425976
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.187512824
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.82-3.880.37471010.33621911X-RAY DIFFRACTION68.58
3.88-3.940.39381460.34052704X-RAY DIFFRACTION95.96
3.94-4.010.35471260.33952614X-RAY DIFFRACTION95.47
4.01-4.080.36581420.34142706X-RAY DIFFRACTION95.99
4.08-4.150.32541440.32192694X-RAY DIFFRACTION96.07
4.15-4.230.35881400.31812662X-RAY DIFFRACTION96.42
4.23-4.320.33431390.29532701X-RAY DIFFRACTION96.3
4.32-4.410.34121550.28862676X-RAY DIFFRACTION96.36
4.41-4.510.31481400.26982675X-RAY DIFFRACTION96.5
4.51-4.630.30291390.26322674X-RAY DIFFRACTION95.75
4.63-4.750.28711380.26442699X-RAY DIFFRACTION95.88
4.75-4.890.28221400.25432637X-RAY DIFFRACTION95.07
4.89-5.050.30321450.25422682X-RAY DIFFRACTION95.51
5.05-5.230.29111370.25492677X-RAY DIFFRACTION96.21
5.23-5.440.29041420.25562680X-RAY DIFFRACTION95.79
5.44-5.680.26741390.26632684X-RAY DIFFRACTION96.32
5.68-5.980.33541410.26662677X-RAY DIFFRACTION95.72
5.98-6.360.28881380.26062704X-RAY DIFFRACTION95.56
6.36-6.850.30581360.26662665X-RAY DIFFRACTION95.14
6.85-7.530.28311380.2652641X-RAY DIFFRACTION94.14
7.53-8.620.27021330.24222686X-RAY DIFFRACTION94.66
8.62-10.840.21391330.21442651X-RAY DIFFRACTION93.9
10.84-49.760.30021480.2712648X-RAY DIFFRACTION91.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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