PDB-8e18: Crystal structure of apo TnmK1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8.0E+18

タイトル

Crystal structure of apo TnmK1

要素

Secreted hydrolase

キーワード

HYDROLASE / biosynthesis

機能・相同性

alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Secreted hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Liu, Y.-C. / Gui, C. / Shen, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Intramolecular C-C Bond Formation Links Anthraquinone and Enediyne Scaffolds in Tiancimycin Biosynthesis.
著者: Gui, C. / Kalkreuter, E. / Liu, Y.C. / Adhikari, A. / Teijaro, C.N. / Yang, D. / Chang, C. / Shen, B.

履歴

登録	2022年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e18.cif.gz	272.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e18.ent.gz	182.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/8e18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/8e18	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8e19C 5unoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Secreted hydrolase

ヘテロ分子

52.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.006, 86.006, 132.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1008- HOH
2	1	A-1152- HOH
3	1	A-1264- HOH

#1: タンパク質	Secreted hydrolase 分子量: 52201.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア) 遺伝子: tnmK1, AMK26_32035 / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A125SA14
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 1.0 M succinic acid, pH 7.0, and 1% w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.13→30 Å / Num. obs: 172050 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 15.01 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 56.6
反射シェル	解像度: 1.13→1.15 Å / Num. unique obs: 9157 / CC_1/2: 0.723

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MrBUMP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UNO

5uno

解像度: 1.14→29.64 Å / SU ML: 0.0853 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 12.4564
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1526	8587	4.99 %
R_work	0.1326	163463	-
obs	0.1336	172050	94.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14→29.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3545	0	30	772	4347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0114	3769
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2772	5159
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0971	554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0138	691
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.1305	575

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.14-1.15	0.3567	15	0.294	345	X-RAY DIFFRACTION	6.01
1.15-1.16	0.2374	165	0.2017	2715	X-RAY DIFFRACTION	48.38
1.16-1.18	0.188	255	0.1738	5126	X-RAY DIFFRACTION	89.94
1.18-1.19	0.1865	268	0.1522	5634	X-RAY DIFFRACTION	98.65
1.19-1.21	0.1706	320	0.1395	5628	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.21-1.22	0.1584	279	0.1307	5722	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.22-1.24	0.1536	305	0.1199	5665	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.24-1.26	0.1451	306	0.1204	5671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.26-1.28	0.129	302	0.1182	5683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.28-1.3	0.1647	278	0.1179	5725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.32	0.1525	295	0.1143	5724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.35	0.139	295	0.1089	5694	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.35-1.37	0.146	277	0.1166	5738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.4	0.1424	280	0.1089	5692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.43	0.1474	276	0.0983	5753	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.47	0.1226	324	0.0899	5691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.5	0.1187	311	0.0911	5709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.54	0.1075	309	0.088	5711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.59	0.1172	320	0.0956	5706	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.59-1.64	0.126	305	0.0979	5732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.7	0.1252	276	0.1054	5761	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.7-1.77	0.1405	304	0.1198	5771	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.85	0.1432	313	0.1191	5725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.94	0.1301	290	0.1197	5783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.07	0.1307	314	0.1229	5792	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.07-2.22	0.1471	330	0.1259	5767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.45	0.1473	312	0.1348	5826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.8	0.1678	313	0.1503	5858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.53	0.1726	318	0.1489	5920	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.53-29.64	0.1721	332	0.1568	6196	X-RAY DIFFRACTION	99.97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)