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- PDB-8e0g: Re-refined model of active mu-opioid receptor (PDB 5c1m) as an ad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e0g
タイトルRe-refined model of active mu-opioid receptor (PDB 5c1m) as an adduct with BU72
要素
  • Mu-type opioid receptor
  • Nanobody 39
キーワードSIGNALING PROTEIN/AGONIST / Agonist / Active State / Revised Structure / SIGNALING PROTEIN-AGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Opioid Signalling / Peptide ligand-binding receptors / beta-endorphin receptor activity / morphine receptor activity / negative regulation of Wnt protein secretion / G-protein activation / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway ...Opioid Signalling / Peptide ligand-binding receptors / beta-endorphin receptor activity / morphine receptor activity / negative regulation of Wnt protein secretion / G-protein activation / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of NMDA receptor activity / positive regulation of neurogenesis / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / transmission of nerve impulse / G-protein alpha-subunit binding / sensory perception of pain / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / presynapse / perikaryon / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / axon / dendrite / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mu opioid receptor / Opioid receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / Mu-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Munro, T.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structural insights into mu-opioid receptor activation.
著者: Huang, W. / Manglik, A. / Venkatakrishnan, A.J. / Laeremans, T. / Feinberg, E.N. / Sanborn, A.L. / Kato, H.E. / Livingston, K.E. / Thorsen, T.S. / Kling, R.C. / Granier, S. / Gmeiner, P. / ...著者: Huang, W. / Manglik, A. / Venkatakrishnan, A.J. / Laeremans, T. / Feinberg, E.N. / Sanborn, A.L. / Kato, H.E. / Livingston, K.E. / Thorsen, T.S. / Kling, R.C. / Granier, S. / Gmeiner, P. / Husbands, S.M. / Traynor, J.R. / Weis, W.I. / Steyaert, J. / Dror, R.O. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2022年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_remark / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_database_remark.text / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02024年9月25日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref.pdbx_db_isoform
改定 3.02024年10月30日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / reflns / software / struct_asym / struct_conn / struct_ref
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _refine.pdbx_starting_model / _reflns.number_obs / _software.name / _software.version / _struct_ref.pdbx_db_isoform
Remark 0THIS ENTRY 8E0G REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 5C1M, DETERMINED BY W.J. ...THIS ENTRY 8E0G REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 5C1M, DETERMINED BY W.J.HUANG,A.MANGLIK,A.J.VENKATAKRISHNAN,T.LAEREMANS,E.N.FEINBERG,A.L.SANBORN,H.E.KATO,K.E.LIVINGSTON,T.S.THORSEN,R.KLING,S.GRANIER,P.GMEINER,S.M.HUSBANDS,J.R.TRAYNOR,W.I.WEIS,J.STEYAERT,R.O.DROR,B.K.KOBILKA

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mu-type opioid receptor
B: Nanobody 39
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4038
ポリマ－47,7322
非ポリマー1,6716
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: As in original entry 5C1M v2.0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.430, 144.000, 209.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mu-type opioid receptor / M-OR-1 / MOR-1


分子量: 34173.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Oprm1, Mor, Oprm
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42866
#2: 抗体 Nanobody 39


分子量: 13558.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 6種, 74分子

#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 / 詳細: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 5C1M.

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.78 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 5C1M
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: Reconstituted in 10:1 monoolein:cholesterol mix, precipitant: 15-25% PEG300, 100 mM HEPES, pH 7.0-7.5, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.5-1.0% polypropylene glycol P400, 100-300 mM ammonium phosphate dibasic
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→43.5 Å / Num. obs: 63134 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 7.51
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 1.4451 / Num. unique obs: 4399 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0258 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C1M

5c1m


解像度: 2.1→43.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 9.842 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22548 1999 5 %RANDOM
Rwork0.1915 ---
obs0.19319 37971 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.315 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.63 Å20 Å2
3----2.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 99 68 3475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0183533
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8731.8674819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3592.8757731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6245419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77922.045132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.25815553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.431522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9142.0421673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9112.041672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2043.0422093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2033.0452094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6272.7381860
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6262.7421861
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6343.8442727
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.55326.1344040
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.55325.9834026
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 146 -
Rwork0.305 2775 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39840.2147-0.01731.893-0.28872.4634-0.08420.0050.109-0.15390.02510.0273-0.303-0.07610.05910.3337-0.0038-0.01180.0035-0.01640.4203-2.21315.626-48.184
24.1379-0.04821.2372.39880.2686.298-0.0409-0.59660.01310.1659-0.05910.0581-0.1728-0.08520.10.2758-0.01640.02050.3076-0.00980.3255-3.2059.002-11.354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A52 - 347
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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