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万見
- PDB-8e0e: nbF3:CaV beta subunit 2a complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e0e
タイトルnbF3:CaV beta subunit 2a complex
要素
  • Nanobody nb.F3
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / nanobody-CACNB2a complex / TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel complex / voltage-gated calcium channel activity / sarcolemma
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nirwan, N. / Minor, D.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Selective posttranslational inhibition of Ca V beta 1 -associated voltage-dependent calcium channels with a functionalized nanobody.
著者: Morgenstern, T.J. / Nirwan, N. / Hernandez-Ochoa, E.O. / Bibollet, H. / Choudhury, P. / Laloudakis, Y.D. / Ben Johny, M. / Bannister, R.A. / Schneider, M.F. / Minor Jr., D.L. / Colecraft, H.M.
履歴
登録2022年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
B: Nanobody nb.F3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,71813
ポリマ－52,7212
非ポリマー99811
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.525, 144.525, 63.596
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2 / Calcium channel voltage-dependent subunit beta 2


分子量: 39425.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cacnb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8I6AEJ4
#2: 抗体 Nanobody nb.F3


分子量: 13294.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 224分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH7, 30%-40% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.31 Å / Num. obs: 51357 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07368 / Net I/σ(I): 32.4
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 5099 / CC1/2: 0.783 / CC star: 0.937 / % possible all: 99.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V2P

5v2p


解像度: 2→47.31 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 2563 4.99 %
Rwork0.1974 48786 -
obs0.1986 51349 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 158.2 Å2 / Biso mean: 68.6459 Å2 / Biso min: 28.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3490 0 64 213 3767
Biso mean--78.09 54.29 -
残基数----443
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.040.36781820.383426482830
2.04-2.080.32331530.344826702823
2.08-2.130.33361450.314627122857
2.13-2.170.35711180.2826932811
2.17-2.230.29571430.260626912834
2.23-2.290.29661330.283527272860
2.29-2.360.2861250.233727162841
2.36-2.430.21651190.22827092828
2.43-2.520.28011440.247326842828
2.52-2.620.30661280.228727162844
2.62-2.740.27131610.230326862847
2.74-2.880.24731160.215627312847
2.88-3.060.21571390.2227042843
3.07-3.30.24381430.202427272870
3.3-3.630.19411640.183227032867
3.63-4.160.17931600.169727182878
4.16-5.240.16731300.150627572887
5.24-47.310.20651600.163927942954
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7168-2.9502-0.89244.68883.3546.9236-0.1666-0.1229-0.3880.6138-0.19270.85230.542-0.5340.39820.68330.08830.06510.36410.00490.9903-48.8031-30.912110.5747
24.7929-2.59-2.60324.93812.32665.0194-0.145-0.19010.02660.15450.10720.39510.043-0.08350.05160.26470.05260.01250.25590.01340.5028-35.6782-45.33775.442
33.27551.0717-0.12313.18341.05651.85680.1775-1.18990.10641.22280.19370.15030.50450.248-0.18440.71520.19030.03350.6590.09350.5619-31.1329-51.665317.0755
43.9649-1.25430.31163.43870.46952.5136-0.0054-0.16490.2966-0.1370.2671-0.5936-0.1970.4487-0.24640.2249-0.00130.05450.3665-0.03560.4553-12.5207-55.9176-6.0664
54.6511-2.19470.47955.18910.68612.59710.24050.2346-0.5445-0.36220.0276-0.31950.35160.3132-0.19520.32220.0637-0.04530.3261-0.04880.5269-18.1228-70.0204-12.8326
60.0575-0.6059-0.1292.34820.8880.10541.85241.60830.3333-2.017-2.00170.5121-0.4684-0.77360.1260.87790.3146-0.0620.7958-0.0150.9126-47.3358-32.6781-10.7054
71.7519-0.9805-0.15631.0242-1.18354.12530.3335-0.97541.21920.9503-0.0078-0.759-1.11520.8991-0.06610.6126-0.2146-0.13781.97-1.19621.6172-6.5725-34.450618.8775
82.89083.42152.98674.20474.1396.0266-0.1039-1.65040.1652.23070.4875-0.06270.92170.2896-0.33160.91380.349-0.2151.049-0.39820.8212-22.5788-43.126721.1992
91.65061.73030.93072.26131.61913.97040.0612-0.78341.7754-0.46560.7072-1.0072-0.87961.1579-0.48380.5193-0.12130.10680.7853-0.46781.4635-11.9766-34.9217.3894
105.85910.8614-1.21172.38722.03622.36530.2348-1.73791.98360.67880.881-1.3976-0.63421.5823-0.52880.5835-0.0195-0.02921.3905-0.77591.4594-8.0511-36.835213.3883
116.32744.41592.12633.45391.29761.06360.4335-0.59761.4586-0.14880.3783-0.9237-1.0930.749-0.16980.5841-0.16460.09490.7647-0.52531.368-16.6407-31.519811.9086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 57 )A29 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 120 )A58 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 121 through 228 )A121 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 229 through 345 )A229 - 345
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 346 through 410 )A346 - 410
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 411 through 425 )A411 - 425
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 25 )B2 - 25
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 26 through 33 )B26 - 33
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 34 through 69 )B34 - 69
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 70 through 100 )B70 - 100
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 101 through 122 )B101 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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