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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8e0e | ||||||
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Title | nbF3:CaV beta subunit 2a complex | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / nanobody-CACNB2a complex / TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / CYTOSOLIC PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of monoatomic ion transmembrane transport / voltage-gated calcium channel complex / voltage-gated calcium channel activity / sarcolemma Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nirwan, N. / Minor, D.L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Selective posttranslational inhibition of Ca V beta 1 -associated voltage-dependent calcium channels with a functionalized nanobody. Authors: Morgenstern, T.J. / Nirwan, N. / Hernandez-Ochoa, E.O. / Bibollet, H. / Choudhury, P. / Laloudakis, Y.D. / Ben Johny, M. / Bannister, R.A. / Schneider, M.F. / Minor Jr., D.L. / Colecraft, H.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 161.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 483.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8damC ![]() 5v2pS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein / Antibody , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 39425.953 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 13294.556 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 5 types, 224 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-MPD / ( #5: Chemical | ChemComp-CA / | #6: Chemical | ChemComp-MG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1M HEPES pH7, 30%-40% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 28, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11583 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→47.31 Å / Num. obs: 51357 / % possible obs: 99.94 % / Redundancy: 20 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07368 / Net I/σ(I): 32.4 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 5099 / CC1/2: 0.783 / CC star: 0.937 / % possible all: 99.96 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5V2P Resolution: 2→47.31 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 158.2 Å2 / Biso mean: 68.6459 Å2 / Biso min: 28.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→47.31 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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