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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 800000000 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HPSE P6 in complex with tetraose pentosan inhibitor | ||||||
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![]() | HYDROLASE / Heparanase / Heparan Sulfate | ||||||
機能・相同性 | ![]() heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / beta-glucuronidase activity / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / syndecan binding ...heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / beta-glucuronidase activity / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / syndecan binding / protein transmembrane transport / vascular wound healing / angiogenesis involved in wound healing / establishment of endothelial barrier / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of blood coagulation / : / lysosomal lumen / extracellular matrix / cell-matrix adhesion / specific granule lumen / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lysosome / membrane raft / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Whitefield, C. / Jackson, C.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Complex Inhibitory Mechanism of Glycomimetics with Heparanase. 著者: Whitefield, C. / Vo, Y. / Schwartz, B.D. / Hepburn, C. / Ahmed, F.H. / Onagi, H. / Banwell, M.G. / Nelms, K. / Malins, L.R. / Jackson, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8e07C ![]() 7rg8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43375.863 Da / 分子数: 1 変異: N178K, A195S, L197G, S212A, S219D, L230R, D234G, E244K, Q248H, R273G, S292A, R307L, I318T, S322Q, F327L, L354G, S426Q, K427D, K477Q, L483H, H486D, L498Q, M512K, E513P, S530A, A540P 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10267.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-糖 , 1種, 3分子
#3: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1267.042 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 |
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-非ポリマー , 3種, 314分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, Sodium Acetate pH 5.5, 20% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→48.28 Å / Num. obs: 43216 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 0.75 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 561577 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.98 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.925 / Num. measured all: 38828 / Num. unique obs: 2843 / CC1/2: 0.938 / Rpim(I) all: 0.257 / Rrim(I) all: 0.96 / Χ2: 0.39 / Net I/σ(I) obs: 3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7RG8 解像度: 1.93→48.28 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→48.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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