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- PDB-8dzv: Chicken anti-cardiac Troponin I antibody in complex with peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dzv
タイトルChicken anti-cardiac Troponin I antibody in complex with peptide
要素
  • cTnI peptide
  • scfv 2B12
キーワードPROTEIN BINDING / scFv / chicken / cTnI / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / troponin C binding / troponin T binding / cardiac Troponin complex / cardiac myofibril / troponin complex / regulation of smooth muscle contraction / negative regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding ...regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / troponin C binding / troponin T binding / cardiac Troponin complex / cardiac myofibril / troponin complex / regulation of smooth muscle contraction / negative regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / heart contraction / skeletal muscle contraction / vasculogenesis / calcium channel inhibitor activity / Ion homeostasis / cardiac muscle contraction / sarcomere / intracellular calcium ion homeostasis / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / actin binding / heart development / protein domain specific binding / protein kinase binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Troponin I residues 1-32 / Troponin I residues 1-32 / : / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Troponin I, cardiac muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Conroy, P.J. / Law, H.P.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Design of Polarity-Dependent Immunosensors Based on the Structural Analysis of Engineered Antibodies.
著者: Islam, J. / Conroy, P. / Fercher, C. / Kim, M. / Yaari, Z. / Jones, M. / Bell, T.D.M. / Caradoc-Davies, T. / Law, R. / Whisstock, J. / Heller, D. / Mahler, S. / Corrie, S.
履歴
登録2022年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scfv 2B12
C: cTnI peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2875
ポリマ－30,1142
非ポリマー1733
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.800, 74.210, 75.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: 抗体 scfv 2B12


分子量: 28623.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド cTnI peptide


分子量: 1489.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19429
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M potassium iodide, 25% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953689 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953689 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→37.72 Å / Num. obs: 80289 / % possible obs: 99.04 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03426 / Rpim(I) all: 0.03426 / Rrim(I) all: 0.04845 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.2→1.243 Å / Rmerge(I) obs: 0.1618 / Num. unique obs: 8013 / CC1/2: 0.925 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.1618 / Rrim(I) all: 0.2289 / % possible all: 88.78

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4p48

4p48


解像度: 1.2→37.72 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1736 4047 5.04 %
Rwork0.1608 76241 -
obs0.1615 80288 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 45.45 Å2 / Biso mean: 13.8491 Å2 / Biso min: 1.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→37.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1805 0 7 448 2260
Biso mean--19.6 25.94 -
残基数----247
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2-1.210.1891290.19032645277499
1.21-1.230.19281250.181826072732100
1.23-1.240.23251220.178426352757100
1.24-1.260.17361390.170926282767100
1.26-1.280.18781660.176825892755100
1.28-1.30.18851450.183526102755100
1.3-1.320.18981320.178326282760100
1.32-1.340.20441270.168526332760100
1.34-1.360.19051690.16526152784100
1.36-1.380.17161420.167526012743100
1.38-1.410.19561340.157326462780100
1.41-1.430.16531550.160226092764100
1.43-1.460.1661270.159326262753100
1.46-1.490.17571300.154826642794100
1.49-1.530.18271340.147326372771100
1.53-1.570.14071310.150826182749100
1.57-1.610.16161490.147626322781100
1.61-1.660.16361320.145226352767100
1.66-1.710.19011270.150326672794100
1.71-1.770.15561370.150126592796100
1.77-1.840.16151440.15292618276299
1.84-1.930.17371520.16242633278599
1.93-2.030.14681480.152630277899
2.03-2.160.1691570.14482640279799
2.16-2.320.20271270.16082638276598
2.32-2.560.17361590.16742633279298
2.56-2.930.17541250.16832635276097
2.93-3.690.16861430.15912639278296
3.69-37.720.17121400.16852591273190
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28680.29070.9270.61260.07321.8860.0623-0.0012-0.05830.0175-0.0211-0.11130.06980.1139-0.03470.04910.0073-0.00760.053-0.00090.0661335.524585.178992.2041
20.4108-0.1243-0.08490.6081-0.04910.87350.0220.00370.0181-0.0112-0.00730.0109-0.0906-0.0305-0.01130.0589-0.00290.00080.04850.00080.0457320.368298.39690.4771
36.75130.4782-0.0045.716-0.24975.3522-0.00440.1984-0.1769-0.19630.00130.33290.1277-0.3398-0.02740.0843-0.0023-0.01310.0663-0.01230.0476319.389787.958775.1514
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 90 )A1 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 252 )A91 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 40 through 51 )C40 - 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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