PDB-8dzk: Dbr1 in complex with 5-mer cleavage product

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dzk

タイトル

Dbr1 in complex with 5-mer cleavage product

要素

RNA (5'-R(P*(G46)P*UP*GP*UP*U)-3')
RNA lariat debranching enzyme, putative

キーワード

HYDROLASE/RNA / METALLOENZYME / COMPLEX / BRANCHED RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / RNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA lariat debranching enzyme activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA splicing, via spliceosome / manganese ion binding / iron ion binding / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Clark, N.E. / Taylor, A.B.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA054174	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124165	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Crystal Structure of the RNA Lariat Debranching Enzyme Dbr1 with Hydrolyzed Phosphorothioate RNA Product.
著者: Clark, N.E. / Katolik, A. / Welch, A. / Schorl, C. / Holloway, S.P. / Schuermann, J.P. / Hart, P.J. / Taylor, A.B. / Damha, M.J. / Fairbrother, W.G.

履歴

登録	2022年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dzk.cif.gz	851.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dzk.ent.gz	626.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dzk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dzk_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dzk_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	8dzk_validation.xml.gz	67.2 KB	表示
CIF形式データ	8dzk_validation.cif.gz	96 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/8dzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/8dzk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k73S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (3)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA lariat debranching enzyme, putative

B: RNA lariat debranching enzyme, putative

C: RNA lariat debranching enzyme, putative

D: RNA lariat debranching enzyme, putative

E: RNA lariat debranching enzyme, putative

F: RNA (5'-R(P*(G46)P*UP*GP*UP*U)-3')

G: RNA (5'-R(P*(G46)P*UP*GP*UP*U)-3')

N: RNA (5'-R(P*(G46)P*UP*GP*UP*U)-3')

O: RNA (5'-R(P*(G46)P*UP*GP*UP*U)-3')

P: RNA (5'-R(P*(G46)P*UP*GP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

215 kDa, 10 ポリマー
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1

A: RNA lariat debranching enzyme, putative

F: RNA (5'-R(P*(G46)P*UP*GP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: RNA lariat debranching enzyme, putative

G: RNA (5'-R(P*(G46)P*UP*GP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 2 ポリマー
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3

C: RNA lariat debranching enzyme, putative

N: RNA (5'-R(P*(G46)P*UP*GP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43 kDa, 2 ポリマー
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4

D: RNA lariat debranching enzyme, putative

O: RNA (5'-R(P*(G46)P*UP*GP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43 kDa, 2 ポリマー
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5

E: RNA lariat debranching enzyme, putative

P: RNA (5'-R(P*(G46)P*UP*GP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.272, 143.341, 214.006
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 10分子 ABCDEFGNOP

#1: タンパク質	RNA lariat debranching enzyme, putative 分子量: 41213.266 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_062730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4M1P9
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(P(G46)PUPGPUPU)-3') 分子量: 1580.017 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 528分子

#3: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 15% PEG3350, 0.4 M LiSO4, 0.1 M bis-tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50.12 Å / Num. obs: 130333 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 47.66 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.02418 / R_rim(I) all: 0.0342 / Net I/σ(I): 20.91
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / R_merge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 12870 / CC_1/2: 0.735 / R_rim(I) all: 0.5205

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5k73

5k73

解像度: 2.1→50.12 Å / SU ML: 0.2369 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.76 / 位相誤差: 22.2012
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2092	12181	5 %
R_work	0.1778	231450	-
obs	0.1794	130323	95.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14285	0	394	511	15190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15104
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9985	20485
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	2172
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	2510
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.2497	5636

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.3066	379	0.2944	7670	X-RAY DIFFRACTION	96.02
2.12-2.15	0.3155	430	0.2921	7775	X-RAY DIFFRACTION	95.75
2.15-2.17	0.3237	395	0.281	7529	X-RAY DIFFRACTION	93.7
2.17-2.2	0.268	371	0.2603	7533	X-RAY DIFFRACTION	93.35
2.2-2.23	0.2791	394	0.2573	7959	X-RAY DIFFRACTION	98.71
2.23-2.26	0.2738	469	0.2639	7888	X-RAY DIFFRACTION	98.86
2.26-2.29	0.3015	378	0.2619	8064	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.29-2.33	0.2888	449	0.2492	7892	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.33-2.36	0.2405	445	0.2288	8014	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.36-2.4	0.233	419	0.2188	7943	X-RAY DIFFRACTION	99.05
2.4-2.45	0.265	412	0.2154	7995	X-RAY DIFFRACTION	98.86
2.45-2.49	0.2575	457	0.2203	7839	X-RAY DIFFRACTION	98.52
2.49-2.54	0.2562	397	0.2105	7956	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.54-2.59	0.2188	398	0.1978	7894	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.59-2.65	0.2319	443	0.1979	7828	X-RAY DIFFRACTION	97.16
2.65-2.71	0.2376	369	0.2097	7800	X-RAY DIFFRACTION	96.11
2.71-2.77	0.27	380	0.2221	7585	X-RAY DIFFRACTION	94.58
2.77-2.85	0.2644	428	0.2175	7253	X-RAY DIFFRACTION	90.49
2.85-2.93	0.2617	434	0.2048	7847	X-RAY DIFFRACTION	97.15
2.93-3.03	0.2413	411	0.1998	7827	X-RAY DIFFRACTION	97.77
3.03-3.14	0.2489	396	0.2003	7826	X-RAY DIFFRACTION	97.16
3.14-3.26	0.2444	405	0.1945	7777	X-RAY DIFFRACTION	96.45
3.26-3.41	0.212	374	0.177	7759	X-RAY DIFFRACTION	96.07
3.41-3.59	0.1938	400	0.1701	7630	X-RAY DIFFRACTION	94.72
3.59-3.82	0.1785	383	0.1615	7519	X-RAY DIFFRACTION	93.44
3.82-4.11	0.1936	408	0.1433	7097	X-RAY DIFFRACTION	88.01
4.11-4.52	0.1399	411	0.126	7347	X-RAY DIFFRACTION	91.88
4.52-5.18	0.1644	406	0.1308	7541	X-RAY DIFFRACTION	93.8
5.18-6.52	0.1826	347	0.1614	7603	X-RAY DIFFRACTION	93.91
6.52-50.12	0.1826	393	0.1559	7260	X-RAY DIFFRACTION	90.35

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.07549081649	1.32605369769	-1.8432686797	2.9908415643	-1.22180251495	5.86463556736	0.272460321392	-0.820844571432	0.455000382107	0.571932410068	-0.144789547284	-0.210407329715	-0.604676335306	0.181558825692	-0.13066968483	0.568475398718	0.0229692705281	-0.0792372015725	0.645753189282	-0.153592796115	0.489976482027	6.203	-30.757	-9.223
2	3.02066357251	0.677779761373	-0.65522116015	2.22078108407	-1.17819215333	2.28899134964	0.0126313837864	-0.134615181806	0.222492958602	0.109645183552	0.0524089075115	-0.161879027568	-0.168224497564	0.100820655695	-0.0627755043167	0.348479649064	0.0323722419613	-0.0347113735628	0.424845905887	-0.0572440629928	0.420798023908	8.885	-35.578	-22.678
3	4.20453733784	-0.12206392177	-0.808466890992	2.17071013677	0.0728023709971	1.88200364118	0.0453392406533	0.0356270584291	0.252795976332	-0.185538097208	0.0660030552498	0.248195139439	-0.166258163981	-0.2447101889	-0.109485627302	0.348858791071	0.015145689277	-0.0666163873941	0.459963223433	0.004195890753	0.430564385939	-6.681	-34.381	-29.109
4	3.54790489286	-0.454319751064	-0.261305430868	5.32976058956	0.176912567783	4.12574594836	0.0463913470754	-0.275491847	0.420616694875	0.329934079253	0.221586402692	0.419381228951	-0.355381837684	-0.448585633038	-0.209364597304	0.360414665885	0.0765373136868	0.0107593754571	0.533072355986	-0.00684551995555	0.49159713662	-10.707	-30.007	-20.836
5	1.99855134786	-0.317006988545	-0.10174260442	4.55246110713	3.13491046313	5.48693398851	-0.0241575267185	-0.289844612465	-0.261332736939	0.306235545043	0.0100887074231	0.215285285613	0.261076700557	-0.14078407085	0.0273860291627	0.332998302554	-0.0378843171196	-0.00858882376156	0.511373872064	0.0237796659079	0.519238301353	-1.093	-46.896	-18.714
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29	4.43893783638	-0.246288708069	-0.239497685132	3.95159444498	-0.782243414025	4.06160052938	-0.155136109359	-0.234696521286	-0.567317885375	-0.0839914780571	0.0893379488989	0.178952504791	0.469188871737	-0.197930140736	0.0617904125454	0.38884443105	-0.051327497377	0.0661178098207	0.382687236028	-0.0548486358151	0.457453280751	38.776	-99.058	-72.11
30	4.04295719313	0.227265101793	-1.3781053626	6.17123339712	2.27023979262	4.40765525163	0.160650811654	0.104904561419	-0.247962712817	-0.0577182576029	-0.0556762080727	-0.099156035162	-0.04138662426	-0.0708975778664	-0.0761220854064	0.271947709265	-0.061847770444	0.0160264483438	0.380662780699	0.0505919152607	0.303324609715	41.335	-90.176	-75.837
31	1.4030208838	0.0210946570462	0.582361761842	3.10478622341	-1.06878627297	2.40090179155	-0.132236161884	0.0525594620655	0.0935801177541	-0.0554364731039	0.021161566148	0.172700390717	0.120616721244	-0.301811900526	0.118616288252	0.347138654186	-0.0266359046209	-0.0109224242938	0.435311318052	-0.0224394264073	0.355497153442	8.024	-92.267	-41.688
32	2.60960340496	-2.22337684817	0.230451824574	3.77559106281	-0.412453666999	3.61431379706	-0.21067130061	0.530890177392	0.463781366841	-1.01011696366	0.16921717285	0.315311356745	0.465258546729	-0.319074572574	0.0211752448806	0.556690650205	-0.0614791431656	-0.161291386037	0.600564390369	0.0425699166632	0.496627326924	4.292	-90.387	-57.19
33	1.30231613437	-0.908345241794	0.171800486361	4.17938232781	-1.40683856064	2.61566768621	-0.0713835956414	0.070195651693	-0.144756944102	-0.475939588243	0.0747275699787	0.452400160536	0.714538027793	-0.388538431804	0.000809528434701	0.608902751771	-0.12456585111	-0.0141674961686	0.529689431497	-0.032887303937	0.429040132738	7.223	-104.468	-45.673
34	2.27285795859	-1.64438311457	0.628102815535	4.2195720699	-0.994401507655	3.71865612514	-0.0612810477129	0.0844992783562	-0.0469747539041	-0.0539270059378	-0.218269321592	-0.139003144984	0.632518065992	0.201897896289	0.298813584154	0.443530514886	-0.00876549998701	0.0864116207369	0.402982740329	0.0174895013387	0.289328432319	17.803	-104.784	-41.319

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:33 )	A	5 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 34:129 )	A	34 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 130:199 )	A	130 - 199
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 200:252 )	A	200 - 252
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 253:286 )	A	253 - 286
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 287:332 )	A	287 - 332
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 333:353 ) OR ( CHAIN F AND RESID 511:515 )	A	333 - 353
8	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 333:353 ) OR ( CHAIN F AND RESID 511:515 )	F	511 - 515
9	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 5:51 )	B	5 - 51
10	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 52:74 )	B	52 - 74
11	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 75:185 )	B	75 - 185
12	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 186:228 )	B	186 - 228
13	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 229:255 )	B	229 - 255
14	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 256:332 )	B	256 - 332
15	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 333:353 ) OR ( CHAIN G AND RESID 511:514 )	B	333 - 353
16	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 333:353 ) OR ( CHAIN G AND RESID 511:514 )	G	511 - 514
17	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 5:51 )	C	5 - 51
18	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 52:75 )	C	52 - 75
19	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 76:175 )	C	76 - 175
20	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 176:211 )	C	176 - 211
21	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 212:255 )	C	212 - 255
22	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 256:307 )	C	256 - 307
23	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN C AND RESID 308:353 ) OR ( CHAIN N AND RESID 511:515 )	C	308 - 353
24	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN C AND RESID 308:353 ) OR ( CHAIN N AND RESID 511:515 )	N	511 - 515
25	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 5:30 )	D	5 - 30
26	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 31:51 )	D	31 - 51
27	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 52:129 )	D	52 - 129
28	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 130:185 )	D	130 - 185
29	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 186:211 )	D	186 - 211
30	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN D AND RESID 212:252 )	D	212 - 252
31	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN D AND RESID 253:286 )	D	253 - 286
32	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN D AND RESID 287:332 )	D	287 - 332
33	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN D AND RESID 333:353 ) OR ( CHAIN O AND RESID 511:514 )	D	333 - 353
34	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN D AND RESID 333:353 ) OR ( CHAIN O AND RESID 511:514 )	O	511 - 514
35	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN E AND RESID 5:199 )	E	5 - 199
36	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN E AND RESID 200:228 )	E	200 - 228
37	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN E AND RESID 229:332 )	E	229 - 332
38	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN E AND RESID 333:353 ) OR ( CHAIN P AND RESID 511:514 )	E	333 - 353
39	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN E AND RESID 333:353 ) OR ( CHAIN P AND RESID 511:514 )	P	511 - 514

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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