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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dz9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main protease G143S mutant in complex with Nirmatrelvir | ||||||
要素 | 3C-like proteinase nsp5 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / Mpro / 3cl / covid / sars-cov-2 ensitrelvir / nirmatrelvir / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / DNA helicase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.664 Å | ||||||
データ登録者 | Noske, G.D. / Oliva, G. / Godoy, A.S. | ||||||
資金援助 | ブラジル, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Structural basis of nirmatrelvir and ensitrelvir activity against naturally occurring polymorphisms of the SARS-CoV-2 main protease. 著者: Noske, G.D. / de Souza Silva, E. / de Godoy, M.O. / Dolci, I. / Fernandes, R.S. / Guido, R.V.C. / Sjo, P. / Oliva, G. / Godoy, A.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dz9.cif.gz | 475.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dz9.ent.gz | 378.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dz9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dz9_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dz9_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dz9_validation.xml.gz | 53.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dz9_validation.cif.gz | 76.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/8dz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/8dz9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dz0C 8dz1C 8dz2C 8dz6C 8dzaC 8e1yC 8e25C 8e26C 7mbgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33855.574 Da / 分子数: 4 / 変異: G143S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase #2: 化合物 | ChemComp-4WI / ( #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 M MES, pH 6.7, 5% v/v DMSO, 8% w/v PEG4000, 30% w/v PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月27日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97718 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.66→101.53 Å / Num. obs: 74929 / % possible obs: 46.1 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 3.7 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.72 Å / Num. unique obs: 112 / CC1/2: 0.463 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7mbg 解像度: 1.664→101.528 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / WRfactor Rfree: 0.262 / WRfactor Rwork: 0.216 / SU B: 2.058 / SU ML: 0.069 / Average fsc free: 0.9659 / Average fsc work: 0.9769 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.413 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.664→101.528 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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