PDB-8dz7: Hen lysozyme in orthorhombic space group at ambient temperature -...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dz7

タイトル

Hen lysozyme in orthorhombic space group at ambient temperature - diffuse scattering dataset

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / ROOM TEMPERATURE / DIFFUSE SCATTERING / LYSOZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Meisburger, S.P. / Imran, S.M.S. / Ando, N.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM117757	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM100008	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124847	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DMR-1332208	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103485	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Robust total X-ray scattering workflow to study correlated motion of proteins in crystals.
著者: Meisburger, S.P. / Case, D.A. / Ando, N.

履歴

登録	2022年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dz7.cif.gz	108.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dz7.ent.gz	80.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dz7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dz7_validation.pdf.gz	410.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dz7_full_validation.pdf.gz	410.2 KB	表示
XML形式データ	8dz7_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	8dz7_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/8dz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/8dz7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dyzC 1wtmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.486, 56.401, 73.852
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化	温度: 318 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Reservoir contained 1.0-1.1 M NaCl, 0.1 M NaOAc pH 4.6. Drops of 30 microliters contained a 1:2 ratio of 90-100 mg/mL protein and reservoir solution. Temp details: The trays were set up at room temperature, incubated at 45 degC until crystals appeared, then returned to room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F1 / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月17日 / 詳細: 100 micron collimator

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.34→44.82 Å / Num. obs: 28707 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.011 / R_rim(I) all: 0.041 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 36

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
7.32-44.82	10.8	0.059	65.8	229	0.998	0.018	0.062	1.62	99.7
1.34-1.36	2.2	0.238	3.8	969	0.898	0.17	0.295	0.92	68.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
XDS	20200131	データ削減
Coot	0.9.5	モデル構築
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1wtm

1wtm

解像度: 1.34→44.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.98 / SU B: 1.029 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1362	1417	4.949 %
R_work	0.1179	27215	-
all	0.119	-	-
obs	-	28632	96.756 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.948 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.356 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.354 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→44.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	2	50	1053

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.012	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	965
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.096	1.633	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.025	1.596	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.991	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.963	20.758	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.276	15	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.277	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.157	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	295
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.266	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.467	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.284	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.041	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.008	2.016	524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.971	2.007	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.89	3.022	656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.908	3.031	657
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	13.036	2.705	529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	13.007	2.701	529
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.24	3.783	774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.201	3.779	774
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.029	23.481	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.033	23.433	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	22.399	3	2018

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.34-1.372	0.237	85	0.199	1469	X-RAY DIFFRACTION	72.7528
1.372-1.409	0.188	99	0.128	1786	X-RAY DIFFRACTION	89.4213
1.409-1.45	0.133	94	0.097	1852	X-RAY DIFFRACTION	94.466
1.45-1.495	0.133	99	0.081	1830	X-RAY DIFFRACTION	98.7206
1.495-1.544	0.106	87	0.074	1839	X-RAY DIFFRACTION	99.9481
1.544-1.598	0.114	90	0.069	1793	X-RAY DIFFRACTION	99.8939
1.598-1.658	0.111	98	0.067	1685	X-RAY DIFFRACTION	99.9439
1.658-1.726	0.112	93	0.071	1641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.726-1.802	0.12	71	0.077	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.802-1.89	0.162	62	0.084	1549	X-RAY DIFFRACTION	99.876
1.89-1.992	0.122	90	0.092	1423	X-RAY DIFFRACTION	100
1.992-2.113	0.15	80	0.099	1361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.113-2.259	0.142	63	0.106	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.259-2.44	0.166	57	0.108	1219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.672	0.134	48	0.124	1134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.672-2.987	0.142	60	0.14	1024	X-RAY DIFFRACTION	99.9078
2.987-3.448	0.14	46	0.147	914	X-RAY DIFFRACTION	100
3.448-4.221	0.123	43	0.121	776	X-RAY DIFFRACTION	100
4.221-5.96	0.115	32	0.137	627	X-RAY DIFFRACTION	100
5.96-44.82	0.169	20	0.214	374	X-RAY DIFFRACTION	99.4949

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)