PDB-8dyz: Hen lysozyme in tetragonal space group at ambient temperature - d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dyz

タイトル

Hen lysozyme in tetragonal space group at ambient temperature - diffuse scattering dataset

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / ROOM TEMPERATURE / DIFFUSE SCATTERING / LYSOZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.272 Å

データ登録者

Meisburger, S.P. / Ando, N.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM117757	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM100008	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124847	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DMR-1332208	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103485	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Robust total X-ray scattering workflow to study correlated motion of proteins in crystals.
著者: Meisburger, S.P. / Case, D.A. / Ando, N.

履歴

登録	2022年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dyz.cif.gz	110.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dyz.ent.gz	81.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dyz_validation.pdf.gz	404.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dyz_full_validation.pdf.gz	404.4 KB	表示
XML形式データ	8dyz_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	8dyz_validation.cif.gz	10.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dyz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dz7C 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.632, 79.632, 38.296
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-321- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: lyzozyme / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: Reservoir contained 1.1 M NaCl, 0.1 M NaOAc pH 4.8. Drops contained 2 microliters each of 40 mg/mL protein and well solution.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9768 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月25日 / 詳細: 100 micron collimator
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9768 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→39.82 Å / Num. obs: 32284 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 23.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.009 / R_rim(I) all: 0.047 / Χ²: 1.06 / Net I/av σ(I): 39.2 / Net I/σ(I): 39.2
反射シェル	解像度: 1.27→1.29 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1229 / CC_1/2: 0.878 / R_pim(I) all: 0.184 / R_rim(I) all: 0.426 / Χ²: 0.99 / % possible all: 78.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
Coot	0.9.5	モデル構築
XDS	20200131	データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193L

193l

解像度: 1.272→39.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.981 / SU B: 0.831 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1332	1659	5.15 %
R_work	0.1149	30556	-
all	0.116	-	-
obs	-	32215	97.885 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.565 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.198 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.198 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.396 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.272→39.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1000	0	4	79	1083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.018	981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.054	1.635	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.599	1.596	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.014	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.277	20.952	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.14	15	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.665	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	775
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.058	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.033	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	16.227	2.002	524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	16.181	1.996	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.016	2.997	656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.017	3.017	657
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	29.262	2.925	533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	29.235	2.929	534
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	21.924	4.043	778
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	21.911	4.047	779
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.109	24.06	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.149	24.028	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	30.472	3	2038

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.272-1.305	0.169	110	0.17	1812	X-RAY DIFFRACTION	80.587
1.305-1.341	0.167	116	0.122	2062	X-RAY DIFFRACTION	93.4764
1.341-1.38	0.14	114	0.099	2089	X-RAY DIFFRACTION	96.9204
1.38-1.422	0.13	112	0.08	2104	X-RAY DIFFRACTION	99.9549
1.422-1.469	0.117	111	0.071	2023	X-RAY DIFFRACTION	99.9532
1.469-1.52	0.103	107	0.067	1956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.578	0.108	115	0.069	1887	X-RAY DIFFRACTION	99.9501
1.578-1.642	0.083	103	0.06	1838	X-RAY DIFFRACTION	99.8971
1.642-1.715	0.089	91	0.069	1743	X-RAY DIFFRACTION	99.9455
1.715-1.799	0.122	79	0.079	1707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.799-1.896	0.133	85	0.083	1623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.896-2.011	0.118	78	0.083	1541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.011-2.15	0.106	80	0.093	1428	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.322	0.14	78	0.095	1335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.322-2.543	0.15	67	0.114	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.543-2.843	0.17	57	0.14	1143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.843-3.282	0.144	55	0.141	1015	X-RAY DIFFRACTION	100
3.282-4.018	0.117	43	0.124	876	X-RAY DIFFRACTION	100
4.018-5.675	0.123	31	0.138	702	X-RAY DIFFRACTION	100
5.675-39.82	0.19	27	0.224	415	X-RAY DIFFRACTION	99.7743

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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