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万見
- PDB-8dyk: Room temperature neutron structure of a fluorescent Ag8 cluster t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dyk
タイトルRoom temperature neutron structure of a fluorescent Ag8 cluster templated by a multistranded DNA scaffold
要素DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*C)-3')
キーワードDNA / Metal clusters / Silver / chromophore
機能・相同性SILVER ION / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法中性子回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Meilleur, F. / Lieberman, R.L. / Petty, J.T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1611451 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2002910 米国
National Science Foundation (NSF, United States)OIA-1655740 米国
引用ジャーナル: J Phys Chem Lett / 年: 2022
タイトル: Mapping H + in the Nanoscale (A 2 C 4 ) 2 -Ag 8 Fluorophore.
著者: David, F. / Setzler, C. / Sorescu, A. / Lieberman, R.L. / Meilleur, F. / Petty, J.T.
履歴
登録2022年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,66313
ポリマ－3,4762
非ポリマー1,18711
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area2060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)33.568, 33.568, 63.741
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-107-

AG

21B-103-

AG

31A-206-

HOH

41A-215-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 1738.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.5 mM A2C4, 9mM AgNO3, 70 mM cacodylate buffer (pH 6), 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SPALLATION SOURCE / サイト: ORNL Spallation Neutron Source / ビームライン: MANDI / 波長: 2.0-4.0
検出器タイプ: ORNL ANGER CAMERA / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2021年5月7日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
121
241
反射解像度: 2.1→12.26 Å / Num. obs: 2315 / % possible obs: 96.49 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.1588 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.2635 / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / Num. unique obs: 216 / CC1/2: 0.328 / CC star: 0.703 / Rpim(I) all: 0.1152 / Rrim(I) all: 0.2901 / % possible all: 95.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
Mantidデータ削減
LAUENORMデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NIZ

6niz


解像度: 2.1→12.26 Å / SU ML: 0.3736 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.65 / 位相誤差: 24.9248
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2868 232 10.11 %
Rwork0.2263 2081 -
obs0.2325 2315 97.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→12.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 230 11 24 265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0058426
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d0.7952717
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037546
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.001620
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.6992127
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.640.37011120.29021002NEUTRON DIFFRACTION96.79
2.64-12.260.24031220.18881079NEUTRON DIFFRACTION97.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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