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万見
- PDB-8dyh: IL17A homodimer bound to Compound 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dyh
タイトルIL17A homodimer bound to Compound 6
要素Interleukin-17A
キーワードCYTOKINE / dimer / fragment / inhibitor / antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / intestinal epithelial structure maintenance / negative regulation of inflammatory response to wounding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / cell death / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production ...positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / intestinal epithelial structure maintenance / negative regulation of inflammatory response to wounding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / cell death / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / fibroblast activation / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / keratinocyte proliferation / cellular response to interleukin-1 / defense response to fungus / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / response to wounding / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell signaling / gene expression / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / immune response / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17, chordata / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U5X / Interleukin-17A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Argiriadi, M.A. / Goedken, E.R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Identification and structure-based drug design of cell-active inhibitors of interleukin 17A at a novel C-terminal site.
著者: Goedken, E.R. / Argiriadi, M.A. / Dietrich, J.D. / Petros, A.M. / Krishnan, N. / Panchal, S.C. / Qiu, W. / Wu, H. / Zhu, H. / Adams, A.M. / Bodelle, P.M. / Goguen, L. / Richardson, P.L. / ...著者: Goedken, E.R. / Argiriadi, M.A. / Dietrich, J.D. / Petros, A.M. / Krishnan, N. / Panchal, S.C. / Qiu, W. / Wu, H. / Zhu, H. / Adams, A.M. / Bodelle, P.M. / Goguen, L. / Richardson, P.L. / Slivka, P.F. / Srikumaran, M. / Upadhyay, A.K. / Wu, B. / Judge, R.A. / Vasudevan, A. / Gopalakrishnan, S.M. / Cox, P.B. / Stoll, V.S. / Sun, C.
履歴
登録2022年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-17A
B: Interleukin-17A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8585
ポリマ－29,0752
非ポリマー7843
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.516, 35.710, 45.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-17A / IL-17 / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8


分子量: 14537.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16552
#2: 化合物 ChemComp-U5X / (5P)-N-benzyl-6-chloro-5-(quinolin-5-yl)pyridin-3-amine


分子量: 345.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H16ClN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 3.2M NaCl, 0.1M Tris, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.3 Å / Num. obs: 19678 / % possible obs: 82.2 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 25.23 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.935→1.942 Å / Num. unique obs: 148 / CC1/2: 0.62 / Rsym value: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HR9

4hr9


解像度: 1.94→37.84 Å / SU ML: 0.2382 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.8108
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 962 4.89 %
Rwork0.2116 18704 -
obs0.2134 19666 94.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→37.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1456 0 56 119 1631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00831559
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08242129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0356208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-2.040.32411260.30142450X-RAY DIFFRACTION89.6
2.04-2.160.33291250.28892778X-RAY DIFFRACTION97.88
2.16-2.330.31571220.26372321X-RAY DIFFRACTION83.38
2.33-2.570.24631390.21432804X-RAY DIFFRACTION99.43
2.57-2.940.24741420.21082786X-RAY DIFFRACTION99.56
2.94-3.70.22231670.18222742X-RAY DIFFRACTION97.91
3.7-37.840.2221410.18822823X-RAY DIFFRACTION96.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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