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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dyb | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the T252A mutant of CYP199A4 bound to 4-methylthiobenzoic acid | ||||||
要素 | Cytochrome P450 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Sulfur oxidation / P450 mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Coleman, T. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2022 タイトル: Investigating the Active Oxidants Involved in Cytochrome P450 Catalyzed Sulfoxidation Reactions. 著者: Podgorski, M.N. / Coleman, T. / Churchman, L.R. / Bruning, J.B. / De Voss, J.J. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dyb.cif.gz | 98.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dyb.ent.gz | 70.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dyb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dyb_validation.pdf.gz | 1005.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dyb_full_validation.pdf.gz | 1011.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8dyb_validation.xml.gz | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dyb_validation.cif.gz | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dyb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42868.633 Da / 分子数: 1 / 変異: T252A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌) 株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2IU02 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-4MI / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.2 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: The crystallisation buffer was 100 mM Bis-Tris buffer (adjusted to pH 5.0-5.75 with acetic acid), 0.2 M magnesium acetate and 20-32% PEG 3350 PH範囲: 5.00-5.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) water-cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.88→42.73 Å / Num. obs: 25053 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 187028 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4DO1 解像度: 1.88→31.085 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 123.66 Å2 / Biso mean: 34.4565 Å2 / Biso min: 12.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.88→31.085 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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