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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dy9 | ||||||
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タイトル | Streptomyces venezuelae RNAP unconstrained open promoter complex with WhiA and WhiB transcription factors | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/TRANSFERASE/DNA / RNA polymerase / Transcription factor / Iron cluster / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of sporulation / cell cycle / dinitrosyl-iron complex binding / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...regulation of sporulation / cell cycle / dinitrosyl-iron complex binding / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein dimerization activity / cell division / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces venezuelae ATCC 10712 (バクテリア) Streptomyces venezuelae (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | ||||||
データ登録者 | Lilic, M. / Campbell, E.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structural basis of dual activation of cell division by the actinobacterial transcription factors WhiA and WhiB. 著者: Mirjana Lilic / Neil A Holmes / Matthew J Bush / Alexandra K Marti / David A Widdick / Kim C Findlay / Young Joo Choi / Ruby Froom / Steven Koh / Mark J Buttner / Elizabeth A Campbell / 要旨: Studies of transcriptional initiation in different bacterial clades reveal diverse molecular mechanisms regulating this first step in gene expression. The WhiA and WhiB factors are both required to ...Studies of transcriptional initiation in different bacterial clades reveal diverse molecular mechanisms regulating this first step in gene expression. The WhiA and WhiB factors are both required to express cell division genes in Actinobacteria and are essential in notable pathogens such as . The WhiA/B regulons and binding sites have been elucidated in (), where they coordinate to activate sporulation septation. However, how these factors cooperate at the molecular level is not understood. Here we present cryoelectron microscopy structures of transcriptional regulatory complexes comprising RNA polymerase (RNAP) σ-holoenzyme and WhiA and WhiB, in complex with the WhiA/B target promoter . These structures reveal that WhiB binds to domain 4 of σ (σ) of the σ-holoenzyme, bridging an interaction with WhiA while making non-specific contacts with the DNA upstream of the -35 core promoter element. The N-terminal homing endonuclease-like domain of WhiA interacts with WhiB, while the WhiA C-terminal domain (WhiA-CTD) makes base-specific contacts with the conserved WhiA GACAC motif. Notably, the structure of the WhiA-CTD and its interactions with the WhiA motif are strikingly similar to those observed between σ housekeeping σ-factors and the -35 promoter element, suggesting an evolutionary relationship. Structure-guided mutagenesis designed to disrupt these protein-DNA interactions reduces or abolishes developmental cell division in confirming their significance. Finally, we compare the architecture of the WhiA/B σ-holoenzyme promoter complex with the unrelated but model CAP Class I and Class II complexes, showing that WhiA/WhiB represent a new mechanism in bacterial transcriptional activation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dy9.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dy9.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dy9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dy9_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dy9_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dy9_validation.xml.gz | 98.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dy9_validation.cif.gz | 155.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dy9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27778MC 8dy7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 36734.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae ATCC 10712 (バクテリア) 株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745 遺伝子: rpoA, SVEN_4407 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RJV9, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 130458.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745 参照: UniProt: F2RIS5, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 144614.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces venezuelae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A5P2AAC9, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 9730.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745 参照: UniProt: F2RCK7, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 , 4種, 4分子 FGHI
#5: タンパク質 | 分子量: 56696.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745 遺伝子: sigA, SVEN_5499 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2R7X6 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 14116.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745 遺伝子: rbpA, SVEN_1012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RBH1 |
#7: タンパク質 | 分子量: 10011.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 遺伝子: whiB, DEJ44_12835, DEJ45_22255, DEJ46_24450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5P2AC98 |
#8: タンパク質 | 分子量: 34959.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 遺伝子: whiA, DEJ44_07690, DEJ45_27525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5P1ZKC3 |
-DNA鎖 , 2種, 4分子 OQPR
#9: DNA鎖 | 分子量: 15068.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces venezuelae (バクテリア) #10: DNA鎖 | 分子量: 15121.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces venezuelae (バクテリア) |
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-非ポリマー , 3種, 5分子
#11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-MG / | #13: 化合物 | ChemComp-SF4 / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Streptomyces venezuelae RNAP unconstrained open promoter complex with WhiA and WhiB transcription factors タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 66 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118181 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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